1、蛋白质二级结构预测方法
蛋白质二级结构的预测通常被认为是蛋白结构预测的第一步,二级结构是指α螺旋和β折叠等规则的蛋白质局部结构元件。不同的氨基酸残基对于形成不同的二级结构元件具有不同的倾向性。按蛋白质中二级结构的成分可以把球形蛋白分为全α蛋白、全β蛋白、α+β蛋白和α/β蛋白等四个折叠类型。预测蛋白质二级结构的算法大多以已知三维结构和二级结构的蛋白质为依据,用过人工神经网络、遗传算法等技术构建预测方法。
基本的二级结构
α螺旋,β折叠, β转角,无规则卷曲(coils)以及模序(motif)等蛋白质局部结构组件。
分析方法
基于统计和机器学习方法进行预测:
Chou-Fasman算法
PHD算法
多序列列线预测
基于神经网络的序列预测
基于已有知识的预测方法(knowledge based method)
混合方法(hybrid system method)
PredictProtein工具简介
工具地址:
http://www.predictprotein.org/
可以获得功能预测、二级结构、基序、二硫键结构、结构域等许多蛋白质序列的结构信息。
该方法的平均准确率超过72%,最佳残基预测准确率达90%以上。因此,被视为蛋白质二级结构预测的标准。
用户需要注册ID、验证E-mail后,才能使用PredictProtein工具。
如何使用PredictProtein工具
PredictProtein提交界面
PredictProtein分析方法
重要的算法:
PROFsec(α螺旋,β折叠等基本二级结构预测)
PHDhtm(典型跨膜螺旋区预测)
ProSite(特征Motif识别方法)
PredictProtein分析结果详解
ProSite模体搜索结果:
二硫键位置预测结果:
PHD跨膜螺旋区预测结果:
PROF二级结构预测结果:
今天对蛋白二级结构预测工具PredictProtein的介绍就到这里啦,感谢论坛网友一心的分享,感兴趣的同学可以去鼓捣一下~
转载于:https://www.cnblogs.com/renping/p/7017599.html
1、蛋白质二级结构预测方法相关推荐
- 基于改进通道注意力和多尺度卷积模块的蛋白质二级结构预测
一.背景: 传统的蛋白质三维结构预测可以通过一些传统方法预测,但是此类方法过于昂贵和耗费时间. 蛋白质二级结构是三维结构和序列的桥梁,其由多肽链中氢键的作用决定.许多研究表明,我们可以通过蛋白质的二级 ...
- 基于Python实现的蛋白质二级结构预测
资源下载地址:https://download.csdn.net/download/sheziqiong/87788721 资源下载地址:https://download.csdn.net/downl ...
- 怎么用计算机技术预测蛋白质结构,基于计算智能技术的蛋白质结构预测方法研究...
摘要: 生物信息学是在生物科学的研究过程中,以计算机为工具对海量生物数据进行存储,检索与 解析的科学,通过对生物学实验数据的存储利用及信息挖掘,达到揭示这些数据背后所蕴含的生物学知识的目的.蛋白质的生 ...
- 蛋白质二级结构预测Linux,蛋白质稳定性预测工具-Rosetta ddg_monomer
蛋白质由于其来自于生命体的本质,在工业环境下通常是不稳定的.暂不提高温高压或者含有有机溶剂的极端环境,就是在室温下抑或保存在4度的冰箱中,很多蛋白质都会很快的发生聚集.失活. 稳定蛋白质的方法有很多种 ...
- 基于双向 lstm 和残差神经网络的 rna 二级结构预测方法
目录 结果 结论 背景 结果 学习结果和演示 预测结果和比较 讨论 结论 材料和方法 数据收集和处理 摘要 背景: 研究表明,rna 二级结构是由配对碱基构成的平面结构,在基本生命活动和复杂疾病中发挥 ...
- 怎么用计算机技术预测蛋白质结构,蛋白质结构预测及方法介绍 一搜索无重复 - 生物科学 - 小木虫 - 学术 科研 互动社区...
与经验性方法相似的另一种办法是结构规律提取方法,这是更一般的方法.该方法从蛋白质结构数据库中提取关于蛋白质结构形成的一般性规则,指导建立未知结构的蛋白质的模型.有许多提取结构规律的方法,如通过视觉观察 ...
- 腾讯 AI Lab 联合研究登上Nature子刊,独创方法提升蛋白质结构预测精度
感谢阅读腾讯 AI Lab 微信号第109篇文章.本文将公布 AI+药物领域新进展. 11月17日,腾讯公布了一项人工智能助力药物发现的新进展. 通过腾讯自研的提升蛋白质结构预测精度的新方法,联合研究 ...
- 蛋白质集合c语言算法,利用蛋白质序列的预测方法
分析新发现的蛋白质或未知功能的基因产物的第一步是用BLAST或其它工具在公共数据库中进行相似性搜索.然而,这种搜索可能无法找到一个已知相符蛋白质:即使能得到一个统计显著的相符蛋白质,也很可能在序列记录 ...
- 蛋白质结构与功能的预测方法总结和资料汇总
蛋白质结构与功能的预测方法总结和资料汇总 "折叠(fold)"的概念 "折叠(fold)"是近年来蛋白质研究中应用较广的一个概念,它是介与二级和三级结构之间的蛋 ...
- aspen二元体系共沸组分_超详细 | 手把手教你组分结构预测
好久不见,读者朋友们,笔者本次介绍USPEX官方案例16-18:大体系定组分稳定结构预测.以德拜温度为目的进行定组分结构预测.计算量惊人的三元体系的变组分结构预测. 01 USPEX官方案例讲解(16 ...
最新文章
- Apache TinkerPop毕业成为顶级项目
- 14项IgG样双特异性抗体工艺
- Angular jasmine单元测试框架里spyOn的创建原理
- 如何处理ESXi Hang机
- 一题多解 —— 二项式分布的期望和方差的计算
- net2.0如何修改用户密码的解决
- flask与js交互的示例代码_用Python做交互式图形
- linux怎么修改数据库字段长度,Postsql 修改字段长度和类型
- 物联网(lot)特定场景最佳实践
- erdas几何校正_实验一 ERDAS介绍与图像几何校正
- 阻止第三方 cookie_如何在每个Web浏览器中阻止第三方Cookie
- 【Pr】视频剪辑学习记录——导出
- 关于OSS如何获得直接访问文件的路径,哪位朋友指点一二??感激不尽
- android 声音同步 测试,基于FFmpeg和Android的音视频同步播放实现
- MySQL插入emoji表情错误的2种解决方案,Incorrect string value: '\xF0\x9F\x98\x84'
- <论文阅读>用于 3D 点线和平面的视觉惯性里程计框架 A Visual Inertial Odometry Framework for 3D Points, Lines and Planes
- JSON与事件和BOM
- C语言:歌德巴赫猜想:2000以内的正偶数(不包括2)都能够分解为两个质数之和
- MySQL No compatible servers were found.You’ll need to cancel this wizard and install one
- Spark jar not loaded. Offending class: javax/servlet/Servlet.class
热门文章
- 2016.3.24 OneZero站立会议
- Android画一条虚线
- 【JSP笔记02】JSP注释、脚本、表达式、JSP三大指令、JSP七大动作的介绍及使用
- 数学之路-python计算实战(4)-Lempel-Ziv压缩(1)
- 数据结构和算法二十一
- 魔兽世界8.0哪个服务器稳定,魔兽世界活得最安逸的BOSS!8.0版本才拿到7.0服务器首杀!...
- 积雪草酸肌白蛋白纳米粒|野黄芩苷豆清白蛋白纳米粒|黄芩苷蓖麻蛋白纳米粒(齐岳)
- matlab2016与VS2019混合编程
- this.$nextTick() 学(cai)习(keng)
- 中国建筑石材行业产销现状与投资策略分析报告2022-2028年