基于Python实现的蛋白质二级结构预测

2024-05-29 00:54:26

资源下载地址：https://download.csdn.net/download/sheziqiong/87788721
资源下载地址：https://download.csdn.net/download/sheziqiong/87788721

graduation

蛋白质二级结构预测

使用的训练及测试数据 test.npy,train.npy来自JPred4
地址：http://www.compbio.dundee.ac.uk/jpred/about_RETR_JNetv231_details.shtml
在这里直接给出，是为了方便使用，如有侵犯，会立刻删除。
水平所限，目前只是做了很简单的搭建神经网络和训练过程，不涉及更深入的内容。

使用教程

window操作系统

git clone https://github.com/cedar997/graduation.git
cd graduation# 使用清华pip镜像，下载更快
pip3 config set global.index-url https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple  # 安装运行所需的扩展包
pip install -r requirements.txt

linux、unix操作系统

sudo apt install git
git clone https://github.com/cedar997/graduation.git
cd graduation
# 安装pip3，以便安装python包
sudo apt install python3-pip
# 使用清华pip镜像，下载更快
pip3 config set global.index-url https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
# 安装运行所需的扩展包
pip3 install -r requirements.txt

notes: 如果你的机器有nvidia显卡，并支持cuda,则可以大大加快训练的速度
具体安装步骤请参考 https://tensorflow.google.cn/install
这里只给出cpu版本的环境搭建方法

开始探索！！！

第一步

python3 main.py

如果需要修改运行效果，请查看main.py

开始训练

默认使用cnn,能获得较快的训练速度。

训练结果

第二步

使用网页进行管理，可以选择多个模型

python3 app.py

用浏览器打开 http://localhost:5000/ 效果如下图所示

文件说明

train.npy为训练集，test.npy为测试集
main.py为主程序，运行它，就能得到我预设的效果，修改它就可以得到更多的功能
mytools.py 为我写的工具箱，方便程序编写
saved_model.h5 保存训练后的模型，方便多次训练
a.yaml 保存了训练中误差率 loss和准确率q3 随训练代数epoch的变化
1.mp3 为训练完成的通知铃声

资源下载地址：https://download.csdn.net/download/sheziqiong/87788721
资源下载地址：https://download.csdn.net/download/sheziqiong/87788721

基于Python实现的蛋白质二级结构预测相关推荐

基于改进通道注意力和多尺度卷积模块的蛋白质二级结构预测
一.背景: 传统的蛋白质三维结构预测可以通过一些传统方法预测,但是此类方法过于昂贵和耗费时间. 蛋白质二级结构是三维结构和序列的桥梁,其由多肽链中氢键的作用决定.许多研究表明,我们可以通过蛋白质的二级 ...
【CV】OpenCV（基于Python）学习笔记
以下内容中的页码均来自<OpenCV 4详解 : 基于Python> 目录第2章载入.显示与保存数据 2.2 图像的读取与显示 2.2.1 图像读取函数 cv.imread() 2.2 ...
基于Python的人工智能美颜系统
基于Python的人工智能美颜系统使用PyQt5模块搭建可视化界面,使用Dlib模型(shape_predictor_68_face_landmarks.dat)实现人脸关键点检测和定位,人脸美颜(美 ...
python深度神经网络量化_基于Python建立深度神经网络！你学会了嘛？
原标题:基于Python建立深度神经网络!你学会了嘛? 图1 神经网络构造的例子(符号说明:上标[l]表示与第l层:上标(i)表示第i个例子:下标i表示矢量第i项) 单层神经网络图2 单层神经网络示 ...
python selenium脚本_怎样开始写第一个基于python的selenium脚本
1.下载并安装python(http://www.python.org/geti/). 2.安装selenium(http://pypi.python.org/pypi/selenium)下载并解压缩 ...
【组队学习】【31期】基于Python的办公自动化
基于Python的办公自动化航路开辟者:牧小熊.刘雯静.张晓东.吴争光.隆军领航员:六一航海士:牧小熊.李显.刘羽中.王晓亮基本信息开源内容:https://github.com/dataw ...
【组队学习】曹志宾：基于Python的会员数据化运营
分享人:曹志宾,Datawhale成员,香港科技大学硕士在读分享内容: 案例描述与分析前期准备与数据预处理 RFM模型使用与操作 Excel中的RFM分析组队学习: 红星:基于Python的会员 ...
【组队学习】孙健坤：基于Python的会员数据化运营
分享人:孙健坤,哈尔滨工业大学分享内容: 什么是会员制? 什么是会员数据化运营? 如何进行会员数据化运营组队学习: 基于Python的会员数据化运营开源内容: https://github.co ...
【组队学习】【28期】基于Python的会员数据化运营
基于Python的会员数据化运营论坛版块: http://datawhale.club/c/team-learning/37-category/37 开源内容: https://github.com ...

最新文章

热门文章