MEGA使用VCF/Hapmap数据构建进化树

1. VCF/Hapmap数据转换为单字符形式基因型文件
2. Hapmap文件转换为Fasta格式
3. MEGA运行

MEGA是进化树的优秀软件，还包含诸多功能，想要使用MEGA构建多材料的进化树，方法步
骤如下。

1. VCF/Hapmap数据转换为单字符形式基因型文件

使用TASSEL Linux版本完成。

## VCF 文件 转换
run_pipeline.pl  -Xms51200m -Xmx500600m -vcf \
CORbnaG.corn.filter.imp.vcf  -export \
CORbnaG.corn.imp.singlechar.hmp.txt \
-exportType  Hapmap## Hapmap Diploid模式转换（双字符基因型，eg: AA，GG... etc）
run_pipeline.pl  -Xms51200m -Xmx500600m -h \
CORbnaG.corn.filter.imp.hmp.txt  -export \
CORbnaG.corn.imp.singlechar.hmp.txt \
-exportType  Hapmap

2. Hapmap文件转换为Fasta格式

使用Python DataFrame完成，此步骤耗内存，或者使用开发好的工具转换速度更快。

### 将上面hmp数据转换为 filename.fasta
#!/usr/bin/env python
import sys
import os
import pandas as pddef trans(input,output):ouf=open(output,"w")data1=pd.read_csv(input,header=0,sep="\t")data2=data1.iloc[:,11:data1.shape[1]].Tcol=data2._stat_axis.values.tolist()for i in range(len(data2)):a=data2.iloc[i]                 b=list(a)ouf.write(">%s\n"%(col[i]))ouf.write("%s\n"%("".join(b)))ouf.close()input=sys.argv[1] # single character hapmap file
output=sys.argv[2] # fasta-like hapmap sequence
trans(input,output)

3. MEGA运行

设定配置文件 filename.mao，该步骤使用windows MEGA X软件点击保存即可。

; Please do not edit this file! If this file is modified, results are unpredictable.
; Instead of modifying this file, simply create a new MEGA Analysis Options file by using the MEGA Prototyper.
[ MEGAinfo ]
ver                                = 0
[ DataSettings ]
datatype                           = snNucleotide
containsCodingNuc                  = False
MissingBaseSymbol                  = ?
IdenticalBaseSymbol                = .
GapSymbol                          = -
[ ProcessTypes ]
ppInfer                            = true
ppNJ                               = true
[ AnalysisSettings ]
Analysis                           = Phylogeny Reconstruction
Scope                              = All Selected Taxa
Statistical Method                 = Neighbor-joining
Phylogeny Test                     = Not Applicable
Test of Phylogeny                  = Bootstrap method
No. of Bootstrap Replications      = 500
Substitution Model                 = ====================
Substitutions Type                 = Nucleotide
Model/Method                       = No. of differences
Substitutions to Include           = d: Transitions + Transversions
Rates and Patterns                 = ====================
Rates among Sites                  = Uniform Rates
Gamma Parameter                    = Not Applicable
Pattern among Lineages             = Same (Homogeneous)
Data Subset to Use                 = ====================
Gaps/Missing Data Treatment        = Pairwise deletion
Site Coverage Cutoff (%)           = Not Applicable
Number of Threads                  = 16
Has Time Limit                     = False
Maximum Execution Time             = -1

运行megacc（MEGA linux版本）

mkdir tree
~/bin/mega/megacc  -a  ../mega_nj.500bs.mao  -d ./filename.fasta  -o  ./tree

注意megacc命令输出文件夹时，需要提前创建，否则即便设定输出文件夹，mega会输出到当前目录，以上仅为记录。

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