linux系统发育树的构建步骤,megacc构建进化树.mao文件生成方法
基于linux版megacc构建系统进化树命令如下:
/biosoft/MEGA/megacc -a .mao -d fasta -o ./
-a输入的是构建进化树的参数 .mao文件
-d输入的是多序列比对之后的结果文件,可以是fasta格式
-o 是输出路径
其中一个重要的文件 也就是参数.mao文件的获取比较困难,蛋白序列、DNA序列以及建树基于的模型不同,具体的参数变换比较多,而linux下无法直接形成该文件,可以先借助Windows版megacc 先生成该文件。
安装完成界面如下:(当前为MEGA-X cc)
2、右下角进入prototype模式(analyze为正常使用模式)
于弹出框确定针对分析的序列类型,此选项和后续设置紧密相关
3、在上方工具栏选择进化树构建:PHYLOGENY,并选择基于某个模型进行建树
4、以NJ法为例,在弹出窗口中进行设置参数,注意序列类型,bootstrap等等,之后保存设置,即可生成后缀为mao的配置文件
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