RDKit | 比较化合物并通过PCA可视化化学空间

化学空间与指纹

化学空间是一个虚拟空间，放置了世界上所有可能存在的化合物。从概念上讲，取决于原子的连接方式，可以存在无限数量的化合物，因此可以说化合物空间具有巨大的尺寸。

实际工作中，有必要将化合物空间放到数学空间中。具体地说，必须根据某些规则将每个化合物转换为固定长度的向量。该向量称为指纹，并且已经提出了用于生成指纹的各种方法。

本文案例实际上使用了称为MACCS密钥指纹。MACCS密钥是一种简单的指纹，它使用包含166种子结构的字典，并且仅显示0/1是否要计算的化合物中包括每个结构。因此，该指纹是一个166维的二进制向量，并且每个维与特定的子结构一一对应。

计算化合物之间的相似性

要评估化合物的相似性，可以计算每种化合物的指纹并计算指纹之间的相似性。Tanimoto系数系数通常用作化合物相似性的指标。

Tanimoto系数取值为0到1。

RDKit | 比较化合物并通过PCA可视化化学空间相关推荐

RDKit | 基于PCA探索化学空间
基于主成分分析和聚类探索化学空间 PCA :Principal Component Analysis 分析化合物数据库,发现它们之间的共享描述符(物理化学特性). 1. 导入库 import os ...
RDKit | 基于分子指纹可视化化学空间
根据化学结构可视化化合物空间方法计算分子指纹为每种化合物生成一个指纹并减小其尺寸,以便可以将其绘制在平面上.根据相似性原理,"相似的化合物具有相似的性质",具有相似结构和性质 ...
化学空间项目和GDB数据库
化学信息学中,所有可能的化合物的集合称为" 化学空间 ".据说这个数字高达10xx60或更多.此外,基于某个特征值的化合物投影有时也称为化学空间. 由于实验覆盖所有化学空间的规模不 ...
RDKit：化合物相似性搜索（基于Python3）
基于Python3和RDKit的化合物结构相似性搜索化合物相似性在化学信息学和药物发现中具有悠久的历史,许多计算方法采用相似度测定来鉴定研究的新化合物. 本实例通过计算分子的Morgan指纹进行相似 ...
用了这么多年的PCA可视化竟然是错的！！！
本文启发于上周开的单细胞转录组课程,本次课程由资深单细胞算法研究者戴老师主讲,深入浅出,各部分分析原理从理论到应用层面解释透彻,最新流程,最新代码,绝对值得学习.课程尚未结束,我就迫不及待向一位未能安 ...
网络特征之PCA可视化-Python实现
前言 PCA也是对网络特征可视化的一种方法,目的是对特征进行降维,然后通过图片的形式来对网络的特征提供一种解释. 所以,本博客提供一个将网络特征进行PCA的可视化的代码,其原理为将C通道的特征降维到3 ...
Nat. Mach. Intell. | 探索稀疏化学空间的化学语言模型新策略
今天给大家介绍来自不列颠哥伦比亚大学和阿尔伯塔大学联合发表的一篇文章.该文章系统地评估并优化了基于循环神经网络在低数据环境中的分子生成模型.发现该模型可以从更少的例子中学习到健壮的模型.同时,本文还确 ...
基于BERT的化学空间映射
目录背景介绍与方法概述 Related Work 方法概述结果与讨论化学反应分类可视化注意力分布化学空间映射(Mapping the chemical reaction space) 背景介 ...
化学空间对接概念性验证 | Chemical Space Docking
2008 年,辉瑞公布了化学空间在相似性检索和骨架跃迁中的有效性.自此,药企进入化学空间导航的时代. 2022 年,Genentech 公布了化学空间在虚拟筛选中的有效性.自此,药企进入化学空间对接的 ...

RDKit | 比较化合物并通过PCA可视化化学空间

化学空间与指纹

计算化合物之间的相似性

RDKit | 比较化合物并通过PCA可视化化学空间相关推荐

最新文章

热门文章