RDKit：化合物相似性搜索（基于Python3）

基于Python3和RDKit的化合物结构相似性搜索

化合物相似性在化学信息学和药物发现中具有悠久的历史，许多计算方法采用相似度测定来鉴定研究的新化合物。

本实例通过计算分子的Morgan指纹进行相似性比对。

代码实例：

#导入依赖包
#!/usr/bin/env python3from rdkit.Chem import AllChem as ch
from rdkit.Chem import Draw as d
from rdkit import DataStructs

#载入分子库
suppl = ch.SDMolSupplier('drugbank.sdf')
mols = [x for x in suppl if x is not None]
len(mols)    #计算分子库分子数目

#读入查询分子，计算指纹
nicotine = ch.MolFromSmiles('O=C(C)Oc1ccccc1C(=O)O')
nicotine_fingerprint = ch.GetMorganFingerprint(nicotine, 2)

#计算分子库每个分子指纹
mols_fps = [(m, ch.GetMorganFingerprint(m, 2)) for m in mols]

RDKit：化合物相似性搜索（基于Python3）相关推荐

RDKit：化合物相似性搜索
化合物相似性化合物相似性在化学信息学和药物发现中具有悠久的历史,许多计算方法采用相似度测定来鉴定研究的新化合物. 分子相似性是许多虚拟筛选技术的理论基础.分子相似性分析方法可以从整体上划分为全局方法 ...
化合物相似性搜索_分子形状相似性及其应用
1.分子形状(molecular shape) 分子形状是药物化学中的基本概念,基于形状的虚拟筛选已经成功识别出新的抑制剂.形状用于评估候选分子与一组已知活性物质的相似性,并评估分子形状与靶受体上结合 ...
化合物相似性搜索_使用MolAICal进行配体相似性比较或搜索的操作教程
马上注册,结交更多好友,下载更多分子模拟资源. 您需要登录才可以下载或查看,没有帐号?我想注册 x 本帖最后由 MolAICal 于 2020-9-1 00:42 编辑使用MolAICal进行配 ...
化合物相似性搜索_FTrees——Similarity相似性搜索
FTrees简介 FTrees(Feature Trees)是一种高效的药效团模型相似性搜索软件工具,可以促进虚拟高通量筛选(HTS).特征树描述符捕获分子的整体拓扑结构及其药效团特性.相似性基于两个 ...
python爱因斯坦的问题_基于Python3的趣味数学问题
基于Python3的趣味数学问题 Pro1. 数独(Sudoku)根据九宫格盘面上的已知数字,推理出所有剩余空格的数字,并满足每一行.每一列.每一个宫(3*3)内的数字均含1-9这9个数字. Pro2 ...
一致代价搜索_谷歌工程师发布最新技术ScaNN：可实现高效的向量相似性搜索
假设一个人想要使用要求标题,作者或其他易于机器索引的精确匹配的查询条件来搜索庞大的文学作品数据集,而这样的任务恰恰非常适合使用SQL之类的关系数据库.但是,如果要支持更多的抽象查询,例如"南 ...
探究Facebook相似性搜索工具 faiss的原理
探究Facebook相似性搜索工具的原理它是一个能使开发者快速搜索相似多媒体文件的算法库.而该领域一直是传统的搜索引擎的短板.借助Faiss,Facebook 在十亿级数据集上创建的最邻近搜索(ne ...
Ubuntu下安装Python开发的Facebook Faiss相似性搜索工具
Facebook 的相似性搜索工具 Faiss支持GPU下矢量表示检索,有较强的检索性能,可用于有效的相似性搜索(similarity search)和稠密矢量聚类(clustering of den ...
Faiss相似性搜索类库
Facebook 人工智能实验室(FAIR)基于十亿级别的数据集构建了最近邻搜索算法的实现,这比之前介绍的已知文献中在 GPU 上实现的最先进且最快的 k-selection 算法还要快大约 8.5 ...

RDKit：化合物相似性搜索（基于Python3）

基于Python3和RDKit的化合物结构相似性搜索

代码实例：

RDKit：化合物相似性搜索（基于Python3）相关推荐

最新文章

热门文章