目前有没有好用的RNASeq的pipeline呢?

有没有那种把Tophat、Cufflinks、Samtools以及找差异表达基因这些功能整合在一起的RNASeq的pipeline呢，我到GALAXY和GENEPATTERN上找过，好像都没有一个能完整地完成初步
分析RNASeq流程的pipeline。

给你推荐一篇protocol，可以参阅以下。
Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments with TopHat and Cufflinks

目前没有一个完整的pipeline，因为物种、测序方法以及实验目的和需求都是不同的。你可以根据自己的分析目的，写个脚本把你需要的分析软件串起来（那也可以发个小文章了）。比如质量处理的fastx-toolkit、bowtie、tophat、cufflinks等。

2012

你需要做什么，就在sh脚本里把什么写成管道不就行了，目前最好的软件就是tophat和cufflinks组合了，就算有其他好点的pipeline也是整合的这两个软件，差点的就很老了也不适合分析现在的高通量数据

比如你要分析差异表达，就tophat <argument>... | cufflinks <argument>... | cuffmerge <argument>...| cuffdiff <argument>...自己写个pipeline也不怎么费事吧

2013

1.GALAXY
NGS: QC and manipulation中根据sequencing platform进行：QC，Trim，Groom
NGS: RNA Analysis中：用tophat进行mapping，cuffmerge（可跳过），cuffdiff

2.Linux
tophat进行mapping，cuffmerge（可跳过），cuffdiff

以上是非常常用的pipeline，但是在具体操作时需要根据sequenicng的质量及所研究的问题来调整参数，如：是否需要trim reads，可以允许几个错配，是否允许gap，是否允许非特异性mapping；需要挑选mapping的database；需要拼接还是完全根据已annotate的refseq。。。

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