RNA-seq中的生物学重复

生物学重复：经过相同方式处理相同样品（不是同一个体）。指样本重复，比如3只小鼠，同时做一种处理，就是三个生物学重复。

消除组内误差：生物学重复可以测量变异程度。
增强结果可靠性：测序的样本数越多，越能够降低背景差异。
检测离群样本：异常样本的存在，会严重影响测序结果的准确性，通过计算样本间的相关性可以发现异常样本，将其排除。
没有生物学重复实验发文章困难，如确实无法设置生物学重复。就得结合强有力的实验数据支撑，如定量实验，FISH荧光原位杂交，或是northern 杂交等，用实验数据说服。考虑到现实条件，重复设置≥3。一般不建议两个重复，如果两者结果不一，无法确定哪个数据为参考。
原核生物以及真菌生物学重复的效果>植物>动物
植物取样：同一片试验田，同一长势，外部形态特征相同
动物取样：同一遗传背景，同一饲养条件，同一年龄，性别相同，外部形态特征相同
生物学重复文献研究：在控制相同的假阳性率水平下，差异基因的数目整体与生物重复数量正相关；差异基因数目的稳定性与生物重复数量负相关；生物重复较少时，不同的抽样导致的差异基因数目波动较大；生物重复较多时，差异基因数目更集中。生物重复越多，真阳性率越高，并受筛选阈值影响越少，漏掉的差异基因（假阴性基因）越少。
【Paper】RNA-seq differential expression studies:more sequence or more replication：对高、中、低表达的基因的表达量进行了评估，生物学重复提高所有基因表达水平鉴定的准确性，而增加测序深度主要提高了低表达基因表达量鉴定准确性。
【paper】The power and promise of RNA-seq in ecology and evolution

Efficient experimental design and analysis strategies for the detection of differential expression using RNA-Sequencing：DESeq的效果优于edgeR或NBPSeq；差异分析对数据量并不敏感，增加生物学重复对提高表达差异分析结果可靠性的效果要优于单样本测序量。

假阳性率（FPR）：真实非差异表达中的基因中，被错误判定为差异表达的比例，FPR越低越好；
真阳性率（TPR）：真实差异表达的基因中，能够正确判定为差异表达的比例，TPR越高越好；真阳性率这个概念，如果换用为“差异基因的检出率”更容易理解
单样本测序量保持不变，生物学重复数（n）提高，差异分析的假阳性率（FPR）基本稳定，但真阳性率（TPR）在不断提高。提高生物学重复数，实验对差异表达基因的检测更加敏感，那些差异倍数较小或表达量较低的差异表达基因（此类基因的差异检测难度较大）能够更容易检测到。

技术重复：同一样品多次测量。一般是三次实验，比如对一块组织，提了三次RNA，做三次real time。

RNA-seq中的生物学重复相关推荐

易基因｜深度综述：RNA m5C修饰的生物学及在肿瘤发生和免疫治疗中的作用
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因. 2022年4月1日,<Biomark Res>杂志发表了题为"Biological roles of RNA m5 ...
冗余分析(RDA)中若包含生物学重复会怎样？
一般微生物测序实验会包含三个生物学重复,然后获得有重复的OTU table和环境因子的数据.许多文献在对OTUs进行冗余分析时都包含了重复,包含重复与不包含重复会有何种不同?是否会影响我们对分析结 ...
生物学重复吗？还有技术重复？
转录组测序多少生物重复合适?2个?3个?48个? 生信宝典 2020-03-30 21:10:44 664 收藏 1 分类专栏: 生物信息版权 2016年英国邓迪大学的Geoffrey J Ba ...
一文掌握RNA seq，RNA seq课程大汇总
RNA测序(RNA-seq)在过往十年里逐渐成为全转录组水平分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具.RNA-seq帮助大家对RNA生物学的理解会越来越全面:从转录本在何时何地转录到RNA ...
mysql中如何去除重复数据_MySQL中如何删除重复数据只保留一条
在几千条记录里,存在着些相同的记录,如何能用SQL语句,删除掉重复的呢 1.查找表中多余的重复记录,重复记录是根据单个字段(peopleId)来判断SELECT *FROM peopleWHERE p ...
chip-seq三个生物学重复样品处理——IDR
前言 ATAC-seq/ChIP-Seq中重复样本的处理 ATAC-Seq要求必须有2次或更多次生物学重复(十分珍贵或者稀有样本除外,但必须做至少2次技术重复).理论上重复样本的peaks应该有高度的 ...
mysql中如何去除重复数据_mysql数据库如何去除重复数据
mysql数据库去除重复数据的方法:1.查询需要删除的记录,会保留一条记录:2.删除重复记录,只保留一条记录,代码为[delete a from test1 a, (...)as bid from t ...
生物学重复好不好--看看样本相关性
文章目录引言数据计算相关系数映射相关系数到热图完整代码引言生物学实验中,常常需要设置重复,例如技术重复.生物学重复,以此确保不是个体的偶然变异对结果产生影响.以转录组数据为例,一般会设置 ...
分清楚技术重复和生物学重复
1.技术重复同一个样品测多次.例如给某伙计取血样,测5次基因表达量能得到的信息 1.这伙计精确的基因表达量 2.基因表达量测量方法的准确程度(看多次测量的重复性好不好) 使用场景 1.只关心这一个 ...

RNA-seq中的生物学重复

RNA-seq中的生物学重复相关推荐

最新文章

热门文章