生物信息百Jia软件（22）：featureCounts

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编者按
虽然短序列比对工具subread的使用没有bwa和hisat2流行，但是软件包中的featureCounts工具却使用比较广泛。尤其是在利用R语言进行RNAseq分析时，featureCounts几乎成为必须使用的工具。当然说的是R语言版本的featureCounts。

一、功能分类：
reads计数

二、软件官网：
http://subread.sourceforge.net/

三、软件介绍:
featureCounts是subread软件包中的一共工具，主要用来计算subread比对之后的结果进行reads计数，也就是每个区域有多少条reads比对上了。目前比较常用的reads计算工具有两款，一个是HTseq，另一款就是featureCounts。reads 记数主要用在RNAseq分析中。计算每个基因或者外显子上面的reads数，根据reads数目进行归一化处理，计算RPKM，FPKM，TPM等，然后进行差异比较分析。一般在利用R语言进行RNAseq数据分析时，输入文件基本上都是reads count结果。例如DEseq，DEseq2，edgeR，limma等R包，都需要输入这样的结果，不能直接输入归一化之后的结果，因为这些软件都需要使用自己归一化的方法。所以reads 记数这一步是非常重要的，因此我们单独拿出一节来介绍featureCounts软件，其实我觉得featureCounts的使用人数可能比subread还多。

四、下载安装：
wget https://jaist.dl.sourceforge.net/project/subread/subread-1.6.0/subread-1.6.0-Linux-x86_64.tar.gz
tar -zxvf subread-1.6.0-Linux-x86_64.tar.gz
五、软件使用：
-a 注释文件，也就是GTF或者GFF文件，通过这个文件才能区分出哪些区域为外显子；
-o 输出结果文件，同样会输出一个以该名字结尾的.summary统计文件；
-F 指定输入注释文件类型，包括GTF，GFF，SAF等；
-t 指定注释文件中功能类型，默认外显子exon
-g 指定注释文件中属性信息，默认为gene_id
-A 如果基因组与注释文件中染色体ID不同，可以通过-A指定一个别名文件，例如有些基因组直接用数字表示染色体号，有些使用chr前缀；
-f 计算级别，以基因还是外显子为单位进行计算；
-M 如何处理多重比对reads
-Q 比对质量值阈值，小于此值的reads不用于计算；
-G 参考序列文件

六、使用案例：
统计hisat2比对之后的bam文件

featureCounts -p -t exon -g gene_id -a annotation.gtf -o counts.txt mapping_results_PE.bam
七、注意事项：
1、注意多重比对reads分配问题；

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