生物信息百jia软件（25）：quast

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去年这时候制定了一个计划，写100篇生物软件的教程推文，取名字“生物信息百jia软件”，本来以为很快就可以完成，结果没想到由于各种事情，这项计划给搁浅了，只完成了四分之一，半途而废不是我性格，所以，接下来我们继续。当你熟悉Linux操作，熟悉测序原理之后，这部分内容使用起来将异常容易。
应用场景
1、得到不同软件拼接的基因组序列，想比较一下哪个软件拼接效果更好；
2、同一软件，比较不同选项参数拼接的结果，哪个更好；
3、比较拼接得到的基因组，与参考序列的相似性。

软件官网
QUAST: Quality Assessment Tool for Genome Assemblies
QUAST：http://bioinf.spbau.ru/quast
http://quast.sourceforge.net/quast

参考文献
Alexey Gurevich, Vladislav Saveliev, Nikolay Vyahhi and Glenn Tesler,
QUAST: quality assessment tool for genome assemblies,
Bioinformatics (2013) 29 (8): 1072-1075. doi: 10.1093/bioinformatics/btt086
First published online: February 19, 2013

下载安装
1wget https://downloads.sourceforge.net/project/quast/quast-5.0.2.tar.gz
2tar -xzf quast-5.0.2.tar.gz
3cd quast-5.0.2
4python setup.py install_full
bioconda也可以直接安装

1conda install -y quast
选项参数
软件的使用也比较容易，会直接输入要比较的几个基因组即可，fasta格式。
-o --output-dir 输出结果目录
-R 参考序列文件
-G --genes 参考序列基因坐标，一般BED或者GFF格式文件
-m --min-contig 最小contig长度，也就是小于这个阈值的不参与计算
-t --threads 使用线程数目，默认使用四分之一的cpu
–help 列出全部选项参数，大部分情况下，默认这些选项即可

案例介绍
目前有三个基因组序列分别使用SOAPdenovo，SPAdes，Velvet软件拼接，想比较一下哪款软件拼接效果更好，下载参考序列，NC_000962.fna，这个案例中，与参考序列差别越小的拼接效果越好，

1python /ifs1/Software/biosoft/quast-5.0.2/quast.py -R NC_000962.fna -o report soapdenovo.fa spades.fa velvet.fa
结果解读
spades会生成网页版的报告，阅读起来非常容易，而且有很多动态的图。这种可以生成html格式报告的软件就很好，方便阅读。

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