生物信息百Jia软件（六）：prodigal

编者按

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前面写了专题《手把手教你生物信息分析平台搭建》，然后又介绍了很多《生物神奇网站》资源，也介绍了《生物信息之独孤九剑》Linux操作。那么万事俱备，就开始学习生物信息吧。所以，我们开始新的篇章——《生物信息百jia软件》。百Jia是什么意思呢？可以是百佳，也可以是百家，还可以是百加。从100家中选择100款优秀软件，掌握这些软件，就可以扩展出更多内容，这就是百Jia。

一、功能分类：
原核生物基因预测

二、软件官网：
compbio.ornl.gov/prodigal/

三、软件介绍:
prodigal的全称是Prokaryotic Dynamic Programming Genefinding Algorithm，原核的动态编程基因查找算法，prodigal主要应用于细菌和古生菌的基因预测，不能用于真核生物，如果要对meta样品做基因预测，prodigal还专门提供了meta的版本。除此之外，prodigal还支持在线提交序列的方式来预测基因预测。也非常的易于使用。而且相对与glimmer基因预测工具，prodigal更加好用，只需一步即可，而且，软件可以直接输出基因的核酸序列并翻译出的相应的氨基酸序列，这对很多初学者来说是非常方便的。

四、下载安装：
wget https://codeload.github.com/hyattpd/Prodigal/tar.gz/v2.60
tar -zxvf Prodigal-2.6.1.tar.gz
make install
五、软件使用：
软件的使用比较容易，比glimmer要容易很多，只需一步即可，直接敲prodigal命令就会弹出软件帮助信息。

-a 是输出氨基酸文件-c 不允许基因一边断开，也就是要求完整的orf，有起始和终止结构
-d 输出预测基因的序列文件
-f 选择输出文件格式，有gbk,gff,和sco格式可供选择
-g 指定密码子，原核为第11套
-i 输入文件，即需要预测的基因组序列文件
-m 屏蔽基因组中的N碱基
-o 输出文件，默认为屏幕输出
-p 选择方式，是单菌还是meta样品
-q 不输错错误信息到屏幕
-t 指定训练集
-s 输出所有潜在基因以及分值到一个文件中

六、使用案例：
prodigal -a ref.pep -d ref.cds -f gff -g 11 -o ref.gff -p single -s ref.stat -i ref.fna >prodigal.log
七、注意事项：
1、对于原核生物基因预测，我们还需要注意一个问题，就是当样品为支原体时，在密码子选择上要修改一下，因为在支原体中遗传密码中的密码子UGA能够编译成色胺酸，而不是一般的乳白色终止码。

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