3-7 DNA序列（DNA Consensus String, ACM/ICPC Seoul 2006, UVa1368）

输入m个长度均为n的DNA序列，求一个DNA序列，到所有序列的总Hamming距离尽量
小。两个等长字符串的Hamming距离等于字符不同的位置个数，例如，ACGT和GCGA的
Hamming距离为2（左数第1, 4个字符不同）。
输入整数m和n（4≤m≤50, 4≤n≤1000），以及m个长度为n的DNA序列（只包含字母
A，C，G，T），输出到m个序列的Hamming距离和最小的DNA序列和对应的距离。如有多
解，要求为字典序最小的解。例如，对于下面5个DNA序列，最优解为TAAGATAC。
TATGATAC
TAAGCTAC
AAAGATCC
TGAGATAC

TAAGATGT

将A,C,G,T看成是0,1,2,3；

定义一个数组int ans[4][50];

对于每一行的输入，1<=i<=m；

ans[字母][i]++；

这样就记录了每一列每种字母出现的总次数；

最后遍历ans的每一列把每一列的第一个最大值所在行转换成字母

合起来就是最优解；

总行数减去字母出现最多的字母数在第一列到第n列求和就是hamming值

#include <bits/stdc++.h>using namespace std;int ans[4][1000];//放次数的数组
char DNA[50][1000];   //放输入DNA的数组
char mDNA[1000];    //放最优解得数组
int T,m,n;
map<char,int> m1;
char zimu[4]={'A','C','G','T'};
int main()
{//freopen("input.txt","r",stdin);m1['A']=0;m1['C']=1;m1['G']=2;m1['T']=3;scanf("%d",&T);while(T>0){int len=0;scanf("%d%d",&m,&n);getchar();memset(ans,0,sizeof(ans));for(int i=0;i<m;i++){int j=0;char c;while((c=getchar())!='\n'&&j<n){int pos=0;switch(c){case 'A':pos=0;break;case 'C':pos=1;break;case 'G':pos=2;break;case 'T':pos=3;break;}ans[pos][j]++;j++;}}int max1;int pos1;for(int i=0;i<n;i++){max1=ans[0][i];pos1=0;for(int j=0;j<4;j++){if(ans[j][i]>max1){max1=ans[j][i];pos1=j;}}len+=m-max1;mDNA[i]=zimu[pos1];}for(int i=0;i<n;i++){putchar(mDNA[i]);}printf("\n%d\n",len);T--;}return 0;
}

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