Rosalind第16题——ros_bio16

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import re
import requests#通过compile设定N-糖基化模式
pattern = re.compile(r'N[^P][ST][^P]')#读入蛋白名称
with open("../examples/ros_bio16_MPRT.txt") as f:id = f.read().rstrip()
id = id.split("\n")#通过reques遍历访问各蛋白网站并读取蛋白序列
for i in id:url = 'http://www.uniprot.org/uniprot/' + i + '.fasta'r = requests.get(url)all = r.text.split("\n")protein = ''for line in all:lable = re.match(r'^>.*', line)if lable:continueelse:protein += line#通过finditer方法获取匹配位置索引m = pattern.finditer(protein)index = ''for match in m:index = index + str(match.start() + 1) + ' 'if index == '':continueelse:print(i)print(index)

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