r语言进行go富集分析_GO富集分析可视化：R语言GOplot包—

GO注释和富集分析

GO注释和富集分析使用TBtools完成，具体步骤可以参考TBtools作者在腾讯课堂开设的一系列视频课程

本文使用的数据是甜樱桃叶绿体蛋白编码基因做GO注释，然后挑部分基因做富集分析，挑选的基因是

rpoC1

rpoB

rpoA

rpoC2

atpI

atpF

atpE

atpH

atpB

atpA

accD

rbcL

rpl22

rpl23

rpl20

rps8

rps7

rps16

rps15

rps14

rps18

做完富集分析得到文件GOenrichmentOutput.txt..GO.Enrichment.final.xls 根据GOplot包的示例数据挑选出其中的5列

Class GO_Name GO_ID GenesOfSelectedSetInGOterm corrected p-value(BH method)

作为数据集1 数据集2包括

ID,logFC,AveExpr,t,P.Value,adj.P.Val,B

数据集2的列变量应该都是转录组数据分析的结果比如logFC应该是倍数变化Fold change 然后取log AveExpr应该是平均表达量等然后模仿帮助文档的例子构造数据集

help(package="GOplot")

library(GOplot)

data(EC)

file1

file2

df1

df2

colnames(df1)

dim(df)

df气泡图

GOBubble(df)

- 加一些参数的气泡图

GOBubble(df,table.legend = F,table.col = T,ID=T,

display = "multiple")+

scale_x_continuous(limits=c(0,5))+

scale_y_continuous(limits = c(0,10))

- 弦图

pdf("chordpra.pdf",height=15,width = 15)

chord

GOChord(chord)

dev.off()

现在基本可以根据自己的数据来构造GOplot的输入文件，但是作图的具体细节还需要调整欢迎大家关注我的公众号

大家如果需要文中提到的file1和file2，在我的公众号小明的数据分析笔记本留言就可以了

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