r语言进行go富集分析_GO富集柱状图
分析模块,输入差异基因GO富集分析结果,由分析模块“GO Enrichment Analysis”生成,输出GO富集结果柱状图。
输入:
差异基因GO富集分析结果文件,由分析模块“GO Enrichment Analysis”生成。
示例:
id enrichment description ratio_in_study ratio_in_pop p_uncorrected p_bonferroni p_holm p_sidak p_fdr namespace genes_in_study
GO:0019843 e rRNA binding 23/342 38/3357 2.62e-07 0.000774 0.000774 0.000755 n.a. molecular_function BM590_A2173;BM590_A1223;BM590_A1221;……
GO:0043228 e non-membrane-bounded organelle 28/342 67/3357 2.86e-07 0.000847 0.000847 0.000826 n.a. cellular_component BM590_A2173;BM590_A1223;BM590_A1221;……
GO:0043043 e peptide biosynthetic process 34/342 67/3357 2.86e-07 0.000847 0.000847 0.000826 n.a. biological_process BM590_A2173;……
……
GO:0046394 p carboxylic acid biosynthetic process 1/342 94/3357 0.000775 1 1 1 n.a. biological_process BM590_B0462
……
输出:
GO富集结果柱状图(只针对“ e ”,显著富集的结果进行作图)。
示例:
注:横轴表示富集到的差异基因数目,对于GO:0019843,为23;纵坐标表示富集到的GO Term功能描述;不同颜色代表不同的GO三大类(分子功能、细胞组成、生物过程)。
分析模块引用R语言(v3.2.1)ggplot2包(v2.2.1)中的geom_bar相关功能进行GO富集柱状图的绘制。
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