找R语言做弦图的教程的时候发现了这个包：GOplot。其主要功能是可视化GO富集分析的结果。自己应该会用得到。 第一步是学习其帮助文档中的例子，然后学习如何准备自己的数据，并利用这个包中的函数来绘图

查看帮助文档

library(GOplot)

help(package="GOplot")

重复帮助文档中的教程

data(EC)

class(EC)

dim(EC$david)

dim(EC$genelist)

circ

class(circ)

head(circ)

category ID term count genes

1 BP GO:0007507 heart development 54 DLC1

2 BP GO:0007507 heart development 54 NRP2

3 BP GO:0007507 heart development 54 NRP1

4 BP GO:0007507 heart development 54 EDN1

5 BP GO:0007507 heart development 54 PDLIM3

6 BP GO:0007507 heart development 54 GJA1

logFC adj_pval zscore

1 -0.9707875 2.17e-06 -0.8164966

2 -1.5153173 2.17e-06 -0.8164966

3 -1.1412315 2.17e-06 -0.8164966

4 1.3813006 2.17e-06 -0.8164966

5 -0.8876939 2.17e-06 -0.8164966

6 -0.8179480 2.17e-06 -0.8164966

我们自己的数据按照这个格式准备应该就可以 - 柱形图

GOBar(subset(circ,category=="BP"))

横坐标字体有点大，试了一下用ggplot2的主题来调节

GOBar(subset(circ,category=="BP"))+

theme(axis.text.x = element_text(size=5))

猜测这个GOBar函数其实就是ggplot2柱形图函数的封装 - 气泡图

GOBar(subset(circ,category=="BP"))

试了一下一下调节图例的位置，没有成功

GOBar(subset(circ,category=="BP"))+

theme(axis.text.x = element_text(size=5))气泡图分面

GOBubble(circ, title = 'Bubble plot', colour = c('orange', 'darkred', 'gold'), display = 'multiple', labels = 3)

- 背景还可以添加颜色

GOBubble(circ, title = 'Bubble plot with background colour', display = 'multiple', bg.col = T, labels = 3)

以上的图用ggplot2应该也可以实现，但这个包可以一条命令出图，非常方便

接下来是弦图

chord

head(chord)

pdf("chord1.pdf",height = 13,width = 13)

GOChord(chord, space = 0.02, gene.order = 'logFC', gene.space = 0.25, gene.size = 5)

dev.off()

热图

GOHeat(chord[,-8], nlfc = 0)

聚类图

GOCluster(circ, EC$process, clust.by = 'logFC', term.width = 2)

韦恩图

l1

l2

l3

GOVenn(l1,l2,l3, label = c('heart development', 'plasma membrane', 'tissue morphogenesis'))

对这个包的简单评价：一条函数出图非常方便，但是如何准备自己的数据可能会比较麻烦！