KEGG Brite 数据库
KEGG被称为京都基因组百科全书,是一个综合性的数据库。对于如此庞大的数据库,肯定需要对数据进行分门别类的整理。除了将各种数据拆分到不同的子数据库中之外,KEGG还对所有的数据进行了更加细致的功能分类,这些功能分类的信息就存储在brite 数据库中。
birte 主要包含以下五大类别的分类信息:
genes and protein
compounds and reactions
drugs
diseases
organisms and cells
在brite数据库中,以文件的形式存储分类信息。包含两种格式的文件:
table 格式,比如对药物的分类
http://www.genome.jp/kegg/drug/br08340.html
htext 文件,比如kegg orthology 的分类
http://www.kegg.jp/kegg-bin/get_htext?ko00000.keg
提供了两种格式的文件用于下载,htext
对应的后缀为 keg, json
对应json。
json
格式是网络数据传说的新标准,主要用于程序解析;`keg 文件是纯文本文件,可以用文本编辑器打开。
以所有ko的分类文件 ko00000.keg
文件为例:
分类层级按照字母顺序排列,示例文件中A 为第一级分类,B, C, D 依次为第二级。
我们可以直观的看到 K00844 属于Glycolysis / Gluconeogenesis
这个分类,对应的更上一级的分类为Carbohydrate metabolism
,再上一级为 Metabolism
。
keg 文件格式还是非常容易理解的,但是使用起来不够直观,当我们想要查询某个KO的具体分类时,如果和这个KO处于同一分类的节点太多时,需要往上翻阅很多行,才能找到对应的分类;有时一不小心就翻过了,就会搞错。
当然可以通过程序格式化这个文件,比如将这个文件变成如下的格式:
KO | Name | C | B | A |
---|---|---|---|---|
K00844 | HK… | Glycolysis… | Carbo..bolism | Metabolism |
这样方便查看条目的详细分类信息;
对于没有编程基础的人来说,kegg 提供了keggHier
程序,专门用于查看brite中的分类信息。软件是用java 开发的,提供了图形界面,简单易用;
下载地址 :
http://www.kegg.jp/kegg/download/kegtools.html
使用方法
双加批处理文件启动
从菜单栏点击
File
按钮,选择导入kegg网站上的数据
这里选择第一个
kegg pathway map
的分类结构,进行查看
向下的三角形表示展开的意思,这里有3个,说明pathway 共有3层分类,鼠标可以点击任意一条记录,可以展开详细信息;右上角的搜索框可以搜索,通过搜索框可以快速查找你感兴趣的记录
总结:
brite
是存储分类信息的数据库,提供了包含pathway, ko, module, drug, disease,organism 等所有记录的分类;分类信息通过文件进行距离,有
keg
和table
两种格式;通过
KEGGHier
工具,可以方便的浏览 KEGG 分类系统;
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