KEGG Enzyme 数据库
生物体内的大多数反应都需要酶的参与，酶在生命活动中发挥了重要作用。IUBMB/UPAC 国际标准化命名委员会对已经发现的酶都提供了标准化的的命名方式，叫做EC number。
KEGG ENZYME 整合了ExplorEnz 数据库中酶的信息，处理基本的Ec number 和name 等属性外，还提供了对应的序列信息。
来看下每条记录的信息
| Entry | 酶编号，EC number |
|---|---|
| Name | 酶的名称 |
| Class | 所属的分类 |
| Sysname | 其他名称 |
| Reaction | 酶催化的反应 |
| Substrate | 底物 |
| Product | 产物 |
| Comment | 注释 |
| History | 修订记录 |
| Pathway | 参与的通路 |
| Orthology | 对应的KO 信息 |
| Genes | 在各种物种中对应的基因 |
| Reference | 参考文献 |
| Other DBs | 其他数据库的链接 |
酶催化生物反应的进行，所以会与 pathway, raction，compound 数据库产生联系。在Enzyme 与其他数据库的联系中，我们需要重点理解与KO的对应关系。
在1995 年，KEGG 数据库刚开始创建的时候，EC number 主要用来绘制代谢通路图；直到1999 年，提出了Orthology ID的概念，用来取代EC number, 绘制通路图；到2002年，Orthology ID 变成了KO, EC number 就作为KO的属性出现了。那么EC number和 KO之间存在怎样的对应关系呢？
酶是基因的产物，而基因有对应的KO注释。通过基因，以基因为桥梁，可以更好的理解酶和KO之间的对应关系。
虽然有实验证据表明这种酶的存在，但是缺乏对应的基因信息，也就没有对应的KO 注释， 比如
1.1.1.46, 就没有对应的KO信息;这种酶在多个物种中都存在，也就有对应的多个基因，这些基因分属不同的KO(当然这些KO的功能描述还是很接近的)， 此时会出现1个EC Number 对应多个KO的情况， 比如
1.1.1.376
这种酶对应的多个基因属于同一个KO, 比如
1.1.1.388
多个酶对应同一个KO, 多个酶对应的基因被归类到了同一个KO下，比如
1.1.1.49和1.1.1.363。
总结
Enzyme 数据库存储了酶的相关信息，每种酶用EC number 唯一标识；
Ec number 与KO的对应关系比较复杂，可以通过基因来理解它们之间的对应关系；
KEGG Enzyme 数据库相关推荐
- KEGG Drug 数据库
kegg drug 数据库是一个药物相关信息的综合数据库,包括了在日本,美国,欧洲上市的的药物.所有在日本上市的药物,不论处方药还是非处方药,包括天然药物和中药,都会在Drug 数据中有对应的记录:对 ...
- KEGG Disease 数据库
kegg disease 数据库收录了已经报告的各种疾病的信息,每个记录用H Number 唯一标识, 比如H00004. 在kegg 中,将疾病视作分子网络的一个不正常的状态.所有的遗传因素,环境因 ...
- 从KEGG BRITE数据库下载数据
因为笔者学习需要从KEGG BRITE数据库下载数据,在这里记录一下. 系统:UBUNTU22 结果
- KEGG在线数据库使用攻略
本文转载自"美吉生物",己获授权. KEGG简介 KEGG是一个整合了基因组.化学和系统功能信息的数据库.把从已经完整测序的基因组中得到的基因目录与更高级别的细胞.物种和生态系统水 ...
- KEGG pathway 数据库
pathway 建立在ko 数据库的基础上,基于我们对生命活动中的分子相互作用和化学物质的反应的认识,构建了复杂的调控网络,采用通路图的形式,进行展示. 通路图中融合了ko, module, comp ...
- KEGG数据库，除了pathway你还知道哪些
欢迎关注"生信修炼手册"! KEGG称之为京都基因组百科全书,作为一个综合型的数据库,和NCBI类似,它也是有各个子数据库构成的,本文作为一个合集,整理了之前推送的KEGG数据库相 ...
- 一文快速读懂 KEGG 数据库与通路图
一.介绍 在进行生物学实验或者生物信息的学习中,都会听说KEGG富集分析,而且该方法在高通量测序分析中已然成为数据分析中必不可少的一环. 这种分析方法依托的是由 Kanehisa实验室 在1995年开 ...
- 【生信】KEGG数据库在线使用
KEGG数据库在线使用 KEGG简介 KEGG是一个整合了基因组.化学和系统功能信息的数据库.把从已经完整测序的基因组中得到的基因目录与更高级别的细胞.物种和生态系统水平的系统功能关联起来是KEGG数 ...
- 使用biopython解析kegg数据库
欢迎关注"生信修炼手册"! KEGG数据库称之为基因组百科全书,是一个包含gene, pathway等多个子数据库的综合性数据库.为了更好的查询kegg数据,官方提供了对应的API ...
最新文章
- 聊聊算法在面试中的地位
- 全网首发 | 第一个opencv_contrib扩展模块中文教程限时领取
- git克隆远程项目并创建本地对应分支
- 关于Python中的yield(转载)
- c# 通过字体对话框获取字体名称和字体大小_PS插件神器 ：fonTags，超好用的PS字体管理插件（附安装方法）
- 真叫人头秃！Python也有pdb
- 每日程序C语言43-链表原地逆置
- 高质量c/c++编程(9)
- Linux下安装 卸载mysql57 msyql80
- 常用身份证识别 OCR 技术 手机拍照识别身份证
- 基于BOW模型的图像检索
- 监狱干警定位管理系统
- 我就问你1MB和1Mb能一样吗？
- 【C语言】如何得出各种数据类型所占内存空间
- Facebook攻略--注册流程
- security整合oauth2（jwt非对称加密）：For MAC signing you do not need to specify the verifier key separately...
- drcom上网登录窗不弹出_无线网络连接后不能弹出浏览器登录页面是怎么回事?
- vscode自动保存代码，自动按照eslint和standard规范格式化代码设置
- 智能泥石流泥水位监测预警系统解决方案
- python 02 --python从安装到学习精品网站（廖雪峰官方网站）