GWAS中最少需要的SNP标记个数计算方法
GWAS和GS分析中,都有一个假定:假定至少有一个SNP标记与所控制性状的QTL(基因)处于连锁不平衡状态(LD),那怎么满足这个条件呢,就需要覆盖全基因组的标记,需要计算群体LD的衰减距离,进而计算进行GWAS分析时所需要的最少SNP的个数。
公式
GWAS所需最小标记量=基因组大小/LD衰减距离GWAS所需最小标记量 = 基因组大小/LD衰减距离GWAS所需最小标记量=基因组大小/LD衰减距离
举例
现在求出LD衰减距离为1Mb,猪的基因组大小为2458Mb,那么GWAS所需要标记量是多少?
计算方法:
1,因为单位都是Mb,所以可以直接计算
2,2458Mb/1Mb = 2458,注意这个单位是个
所以,该群体做GWAS至少需要2458个SNP标记。
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