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在遗传学中，当两个基因相互作用然后导致对应性状的出现，说明两个基因间存在相互作用。在之前的文章中，介绍了很多的基因相互作用模型，列表如下

1. 互补作用

2. 积加作用

3. 重复作用

4. 上位作用

5. 抑制作用

其中上位作用研究的作为广泛，作为GWAS研究中使用的最广泛的工具，plink当然也支持上位作用，即Epistasis的分析，有以下两种方式

1. fast-epistasis

这种用法适合case/control 二分类的表型，原理和Allele水平的GWAS分析一样，基本用法如下

plink \
--bfile input \
--fast-epistasis \

输出结果示意如下

2. epistasis

这种用法适用范围广，case/control还有连续表型都适用，通过线性回归或者逻辑回归来进行分析，基本用法如下

plink \
--bfile input \
--epistasis \

输出结果示意如下

当SNP位点的数量很多时，两两相互作用分析的计算量是很大的，为了加速运行，plink支持拆分后并行，用法如下

当然，以上只是基本用法，还是有很多的参数可以调整，更多的细节请参考官方文档。

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