单细胞测序流程（二）数据整理
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数据整理
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准备数据：之前所下载的样本数据
将之前所下载的样本数据进行解压，使用excel将文件打开
发现所下载样本有两种情况，一，有基因名，二，无基因名，只有基因id
一，有基因名
1.使用excel将文件打开所下载的样本发现第一行为样品名，第一列为基因名，需要滑到最后将注释信息删掉。
2.将excel滑到顶端，发现样品名和基因名重叠了，需要将样品名全部向后移动一位，并将第一行第一列的位置命名为id
移动前
移动后
3.从数据末端开始往上移动复制全部内容（不要直接ctrl+a，会将没用的空格也复制的），然后心创一个文件，文件名为geneMatrix，将刚刚所复制的内容进行粘贴。
如果样品名并不规范，那么就需要自己手动更改。
二，无基因名，只有基因id
1.使用excel打开文件需要滑到最后将注释信息删掉。
2.复制所有数据，新建一个文件命名为matrix.txt，将刚刚所复制的数据粘贴到新建的文本文件。
除了刚刚所建立的文本文件之外还需要human.gtf以及一个perl脚本（两个文件过大，无法上传，我将文件的百度网盘链接放到了微信公众号里了，可以自行去下载）.
3.打开电脑的cmd输入perl -v检查你电脑是否有perl，如果没有百度搜索perl根据自己电脑系统进行下载，然后cd+空格+你的路径然后输入perl 脚本名称
等待光标回到大于号时代表脚本执行完毕，会发现文件夹下会出现一个geneMatrix文本文件，这就是整理好的数据。
单细胞测序流程（二）数据整理到这里就结束了
下一章会讲解单细胞的数据过滤和数据的标准
我所做的所有分析与教程的代码都会在我的个人公众号中，请打开微信搜索“生信学徒”进行关注，欢迎生信的研究人员和同学前来讨论分析。
ps：公众号刚刚建立比较简陋，但是该有的内容都不会少。
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