易基因 | 国自然选题——易基因RNA甲基化测序技术（m6A m5C）正热门
2021年国家自然科学基金结果出炉在即，首先预祝各位老师申请的本子都中标。
回顾过往十年，RNA甲基化修饰一直是国家自然科学基金表观遗传学研究的热门领域，其中m6A更是占据其中大半江山。那么究竟什么是RNA甲基化，RNA甲基化又有哪些测序技术呢？
m6A国家自然科学基因项目数量及资助金额
什么是RNA甲基化测序？
在真核生物中，5’ 端的Cap以及3’ 的ployA修饰在转录调控中起到了十分重要的作用，而mRNA的内部修饰则用于维持mRNA的稳定性。mRNA最常见的内部修饰包括N6-腺苷酸甲基化（m6A）、N1-腺苷酸甲基化（m1A）、胞嘧啶羟基化（m5C）等。RNA甲基化的作用已在众多研究中被确认，而m6A是mRNA上最丰富的内部修饰，这也成为RNA甲基化测序研究得最多最热的修饰之一。当然，m5C修饰也是非常重要的修饰。
m6A的研究方向主要为通过研究m6A修饰相关的甲基化、去甲基化酶和识别蛋白的功能，进而研究m6A修饰的生物学功能和作用机制。如通过m6A甲基化测序( MeRIP-Seq)构建疾病细胞模型或者发病组织的m6A修饰谱，分析m6A的motif，peaks数量及分布，Peak关联基因的特征，联合RNA-seq研究m6A甲基化与表达的关系等。
m5C RNA甲基化修饰由m5C甲基化转移酶介导（NSUN），在tRNA和rRNA中高丰度稳定存在。已证实m5C修饰功能涉及调控干细胞应激、细胞毒性应激、mRNA出核和植物细胞发育及基因表达等方面。
易基因RNA修饰研究优势服务技术
m6A RNA甲基化测序：微量技术，同时检测mRNA、lncRNA和circle RNA的m6A修饰
m5C RNA甲基化测序：亚硫酸盐处理，单碱基精准检测m5C修饰水平
（1）常量及微量m6A RNA甲基化测序（MeRIP/m6A-seq）
m6A甲基化修饰是真核生物mRNA甚至病毒RNA广泛存在的一种RNA修饰形式。m6A修饰早在上世纪70年代就已经被报道，但对该修饰在RNA中的整体分布以及其对基因表达调控的影响一直以来却知之甚少。2011年，第一个真正意义上的RNA去甲基化酶FTO
的报道，使得mRNA/lncRNA的甲基化研究再次进入人们的视野。MeRIP通过m6A特异性抗体富集和测序，用于研究RNA的腺苷甲基化修饰。易基因自主研发微量RNA甲基化检测技术，样本起始量可降低至10-20μg，最低仅需5μg总RNA。
常规及微量MeRIP测试结果
微量（5μg）及常规（80μg）Total RNA起始，富集m 6 A修饰片段结果展示
研究案例
Dynamic m6A mRNA methylation directs translational control of heat shock response
MeRIP-seq和RNA-seq联合分析研究热休克反应的分子机制
- 背景
热休克反应是机体在热应激情况下，表现出的以基因表达变化为特征的防御适应性反应，是生物体面对刺激时的非特异性应激反应，以保证细胞短暂适应极端环境。热休克蛋白(heat shock protein, HSP)在其中起着重要的作用。m6A是最丰富的mRNA表观修饰，调节转录本的可变剪切、RNA与蛋白质的相互作用以及RNA的稳定性。在哺乳动物细胞中，m6A并不是对称分布，在mRNA的5'UTR甲基化水平比其他功能区域低。然而，人们对5' UTR甲基化的调控基因表达机制知之甚少，且5'UTR在翻译的起始过程中起着至关重要的作用，但是对m6A在翻译中的调控作用所知甚少。
- 方法
- 结论
研究了m6A与热休克反应的关系，绘制出了热处理影响热诱导mRNA的5' UTR甲基化水平变化的分子机制：核定位的m6A识别蛋白YTHDF 2抑制m6A去甲基化蛋白FTO与RNA的5'UTR区相互作用，从而保留热诱导RNA的5'UTR甲基化位点。研究热诱导RNA 5'UTR甲基化的动态变化与热休克反应的关系，不仅扩大了m6A调控广度，而且揭示了一个未知的热休克应的转录后调控机制，为我们研究表观修饰提供的了新角度。
（2）m5C RNA甲基化（RNA-BS-seq，m5C）
m5C是RNA百余种修饰中研究较多的一种。m5C存在于tRNA上时，可以对翻译进行调节；存在于rRNA上时，可以对核糖体的生物合成进行质控；存在于mRNA上时，则可以影响mRNA的结构、稳定性及翻译过程。
RNA-BS-seq是一种检测m5C的强有力的技术。该技术利用重亚硫酸盐处理RNA，使RNA上没有发生修饰的C则被转化为U，而发生m5C修饰的C碱基则保持为C。经过PCR，U转变成T，这样便将m5C与C区分开来。结合高通量测序，就可以从全转录组范围检测m5C修饰。
研究案例
Distinct 5-methylcytosine profiles in poly(A) RNA from mouse embryonic stem cells and brain小鼠胚胎干细胞及脑部RNA甲基化图谱研究
- 背景
最近，有不少研究报道了许多转录后的mRNA表观修饰，如m6A、m1A、假尿苷化和m5C。然而，对于m5C在整个转录组上的分布还知之甚少。因此，了解不同细胞类型、组织及个体中m5C的分布及作用，对于深入研究m5C的功能及其对其他生物过程的影响十分有必要。
- 方法
利用RNA-BS-seq技术检测了小鼠干细胞及脑部的m5C修饰图谱，并从分布、功能等方面进行比较。
- 结论
这篇文章第一次系统地绘制了小鼠全能阶段及分化后阶段的m5C修饰图谱，并进行了比较。这对于深入了解m5C在哺乳动物中的作用及生物学意义十分有价值。
参考文献：
- Zhou J, Wan J, Gao X, Zhang X, Jaffrey SR, Qian SB. Dynamic m(6)A mRNA methylation directs translational control of heat shock response. Nature. 2015 Oct 22;526(7574):591-4. pii: nature15377. doi: 10.1038/nature15377. PubMed PMID: 26458103.
- Amort T, Rieder D, Wille A, Khokhlova-Cubberley D, Riml C, Trixl L, Jia XY, Micura R, Lusser A. Distinct 5-methylcytosine profiles in poly(A) RNA from mouse embryonic stem cells and brain. Genome Biol. 2017 Jan 5;18(1):1. pii: 10.1186/s13059-016-1139-1. doi: 10.1186/s13059-016-1139-1. PubMed PMID: 28077169.
易基因 | 国自然选题——易基因RNA甲基化测序技术（m6A m5C）正热门相关推荐
- 易基因｜m5C RNA甲基化测序技术---从mRNA到全转录组（mRNA+lncRNA+tRNA）m5C单碱基分辨检测｜技术解读
易基因|m5C RNA甲基化测序技术---从mRNA到全转录组(mRNA+lncRNA+tRNA)m5C单碱基分辨检测|技术解读 m5C是RNA百余种修饰中研究较多的一种.m5C存在于tRNA上时,可 ...
- 易基因技术推介｜高通量单细胞甲基化测序技术介绍（sc-RBS）
大家好,这是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因. 与常规RRBS不同,高通量单细胞甲基化测序sc-RBS由于从单个细胞输入的DNA量很少,常规方法不能保证目标DNA在最后的扩增过程中保持不 ...
- 易基因：MeRIP-seq等揭示m6A甲基化修饰对抗病毒基因表达的转录调控机制｜Cell Rep
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因. 2021年03月02日,杜克大学医学中心的分子遗传学和微生物学系Stacy M. Horner教授团队在<Cell Reports ...
- 易基因：MeRIP-seq等揭示m6A reader YTHDF1在结直肠癌PD-1免疫治疗中的作｜Gut
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因. 结直肠癌(colorectal cancer ,CRC)是全球最常见的癌症之一,转移性CRC患者的5年生存率低于20%.免疫检查点阻断( ...
- 易基因“微量降解甲基化测序技术”获专利授权，建库DNA低至1ng
DNA的甲基化修饰涉及动物胚胎发育.基因印迹和X染色体失活等过程,对基因的表达调控起重要作用.随着高通量测序技术的发展,全基因组重亚硫酸盐甲基化测序(WGBS)可以精确检测每一个碱基的甲基化水平,被誉 ...
- 易基因技术推介｜m1A RNA甲基化测序（MeRIP-seq/m1A-seq）
N1-甲基腺苷(N1-methyladenosine,m1A)是一种普遍存在于真核生物tRNA.rRNA和mRNA且可逆的转录后RNA修饰.基于高通量测序技术最新研究揭示m1A RNA修饰在基因调控和 ...
- 易基因｜RNA m5C甲基化测序(RNA-BS)技术介绍
大家好,这是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因. m5C是RNA百余种修饰中研究较多的一种.m5C存在于tRNA上时,可以对翻译进行调节:存在于rRNA上时,可以对核糖体的生物合成进行质控 ...
- 易基因｜m5C甲基化研究揭示mRNA m5C对维持果蝇生殖干细胞发育的分子机制
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因. 2020年02月18日,Stower研究所解亭教授团队与南方科技大学李思思团队合作研究发现果蝇的YPS蛋白通过优先结合带有m5C修饰的R ...
- 易基因2022年度DNA甲基化研究高分项目文章精选
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因. 回顾刚刚过去的2022年,易基因参与的DNA甲基化研究在细胞分化与发育.疾病发生发展及标志物筛选.环境因素暴露与响应等应用场景成果层出不 ...
- 易基因｜3文一览：DNA甲基化及组学测序在斑马鱼中的科学研究成果
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因. 斑马鱼和人类基因有着87%的高度相似性,作为模式生物的优势很突出,意味着其实验结果大多数情况下适用于人体.在国际上,斑马鱼模式生物的使用 ...
最新文章
- [企业化NET]Window Server 2008 R2[1]-服务器基本安装即问题解决记录
- SSH实现新闻管理系统
- 稀疏数据分析：马蹄估计量及其理论性质
- python 分布图_python数据分布型图表柱形分布图系列带误差线的柱形图
- Win10怎么禁用系统更新服务 Win10禁用系统更新服务教程
- 尚硅谷为什么免费开放资源_什么是开放游戏？ 新资源
- [ 2022年4月8日更新 ]Typecho Handsome主题美化教程
- 测试JUC安全类型的集合（Java）
- 区块链 不可能三角是什么
- 工程上为什么常用3dB带宽？而不是1dB或者2dB
- 微信支付商户平台扫码登录说明
- 【Matlab】前馈控制
- 22个常用Python包，相信你一定用的到！
- 关于TI XDS100V1和XDS100V3仿真器电脑无法识别的解决办法
- 【Github万星】50个有趣而又鲜为人知的 Python 特性
- 网页连接服务器失败是怎么回事,网页怎么连接服务器失败是怎么回事
- 学计算机小升初,小升初微机派位什么意思
- FAQ04【ElastiSearch】报错：org.elasticsearch.discovery.MasterNotDiscoveredException异常解决
- 机器人与控制器的关联
- SQL Server学习笔记3——WHERE子句