易基因技术推介｜高通量单细胞甲基化测序技术介绍（sc-RBS）

大家好，这是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。

与常规RRBS不同，高通量单细胞甲基化测序sc-RBS由于从单个细胞输入的DNA量很少，常规方法不能保证目标DNA在最后的扩增过程中保持不变，因此sc-RBS在降损方面进行细化。易基因建立的高通量单细胞甲基化测序sc-RBS技术无需纯化，通过限制性内切酶消化、接头连接过程和在单管中转化重亚硫酸盐，是一种专注于将纯化过程中发生的损失降至最低的方法。

应用方向：

细胞发育：生殖细胞或胚胎细胞的成熟受到特定基因表达的影响，这与DNA中的甲基化水平相关。
疾病相关研究：在各种疾病中（尤其癌症），具有正常细胞所不具有的DNA甲基化模式，从而导致基因表达水平的差异。
珍稀样本：高通量单细胞甲基化测序特别适用于难以取得的珍稀样本和细胞异质性较大的组织样本。

技术优势：

起始量：单细胞或1-10个细胞；
分辨率高：单碱基分辨率；
细胞检测通量高：可对上百成千个单细胞进行甲基化检测
CG覆盖位点高：CG位点覆盖可达4-8M；
性价比高：单个细胞检测费用低至千余元。

技术路线：

实验策略：

分析内容：

送样要求：

技术指标：

经典案例

sc-RBS+RNA-seq测序揭示黄曲霉毒素B1诱导S期阻滞L02细胞肝毒性新机制

Single-cell sequencing reveals novel mechanisms of Aflatoxin B1-induced hepatotoxicity in S phase-arrested L02 cells

1.背景：

大量研究证据表明黄曲霉毒素B1（Aflatoxin B1 ,AFB1）诱导的毒性包括抑制细胞增殖、氧化应激、DNA损伤、细胞周期阻滞和细胞凋亡，特别是针对肝脏细胞具有强烈的毒性。但AFB1毒性的表观遗传机制目前尚不清楚，需要进一步探讨。

2.方法：

本研究通过单细胞测序技术（scRNA-seq + sc-RRBS）研究AFB1诱导S期阻滞L02细胞肝毒性机制。

3.结论：

单细胞测序技术结果发现AFB1可诱导细胞凋亡和细胞周期S期阻滞，降低线粒体膜电位(ΔΨm)，增加活性氧(ROS)生成。通过促性腺激素释放激素受体通路，Wnt信号传导通路，TGF-β信号通路等调节DNA甲基化水平。研究结果揭示了AFB1对S期阻滞L02细胞诱导的肝毒性机制，其中DNA甲基化通过调控促性腺激素释放激素受体通路、Wnt信号传导通路和TGF-β信号通路发挥作用，为进一步研究精确毒理学提供了新的探索策略，包括靶细胞选择、多组非定向测序和通路分析。

图：基于单细胞测序结果，研究人员提出AFB1诱导的S期阻滞L02细胞肝毒性调节机制的假设

参考文献：

Zhang B, Dai Y, Zhu L, He X, Huang K, Xu W. Single-cell sequencing reveals novel mechanisms of Aflatoxin B1-induced hepatotoxicity in S phase-arrested L02 cells. Cell Biol Toxicol. 2020 Dec;36(6):603-608.

深度综述：单细胞DNA甲基化数据的分析方法

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