易基因技术推介｜m1A RNA甲基化测序（MeRIP-seq/m1A-seq）
N1-甲基腺苷（N1-methyladenosine，m1A）是一种普遍存在于真核生物tRNA、rRNA和mRNA且可逆的转录后RNA修饰。基于高通量测序技术最新研究揭示m1A RNA修饰在基因调控和生物过程中的关键作用：对RNA稳定性和翻译起始等过程有着重要调节作用，广泛参与多种疾病的发生和发展。
m1A RNA修饰的检测，易基因采用基于抗体富集的甲基化RNA免疫沉淀测序方法（MeRIP-seq/m1A-seq），该技术利用m1A特异性抗体富集发生m1A修饰的RNA片段（包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA），结合高通量测序，对RNA上的m1A修饰进行定位与定量，总RNA起始量可降低至10μg，最低仅需1μg总RNA。
易基因提供适用于不同科研需求的m1A-seq技术：
m1A甲基化-常量mRNA 甲基化测序（m1A-seq）
m1A甲基化-常量mRNA +lncRNA甲基化测序（lnc-m1A-seq）
m1A甲基化-微量mRNA +lncRNA甲基化测序（Micro-lnc-m1A-seq）
技术优势：
起始量低：样本起始量可降低至10-20μg，最低仅需1μg总RNA；
转录组范围内：可以同时检测mRNA和lncRNA；
样本要求：可用于动物、植物、细胞及组织的m1A检测；
重复性高：IP富集重复性高，最大化降低抗体富集偏差
应用范围广：广泛应用于组织发育、干细胞自我更新和分化、热休克或DNA损伤应答、癌症的发生与发展、药物应答等研究领域。
技术路线：
实验策略：
图：微量MeRIP-seq实验流程
分析内容：
送样要求：
典型案例：
真核生物mRNA中的m1A甲基化动态变化研究
The dynamic N1-methyladenosine methylome in eukaryotic messenger RNA
背景
m1A RNA甲基化发生在Watson-Crick区域，可能影响RNA碱基配对，还促进腺苷修饰在生理条件下带正电荷，可能会显著改变RNA结构和蛋白质-RNA互作。
方法
研究人员对人HeLa（宫颈腺癌），HepG2（肝细胞癌）和HEK293（胚胎肾）细胞系（ATCC）和原代小鼠胚胎成纤维细胞（MEF）（C57BL / 6，ATCC）进行基于抗体富集的RNA甲基化免疫沉淀测序（MeRIP-seq，m1A-seq），在转录组范围定位m1A位点，并将其与Dimroth重排反应进行耦联以获得高分辨率m1A图谱。
结果
m1A-seq结果表明m1A在第一个剪接位点上游起始密码子周围富集：m1A倾向于修饰翻译起始位点周围一些更结构化的区域，可以对生理条件做出动态响应，并与蛋白质生成呈正相关。这些特异性特征在小鼠与人类细胞中高度保守，证明了m1A在促进mRNA甲基化翻译中发挥作用。
图：m1A-seq表明m1A与人转录组中的翻译起始位点（TIS）相关
参考文献：
Dominissini D, et al. The dynamic N(1)-methyladenosine methylome in eukaryotic messenger RNA. Nature. 2016 Feb 25;530(7591):441-6. pii: nature16998.
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