MirSNP:miRNA相关SNP位点数据库

2024-06-05 00:43:57

欢迎关注”生信修炼手册”!

在SNP研究领域，通过GWAS或者eQTL等手段，发现了大量与疾病或者某种复杂性状相关的SNP位点，而这些SNP的具体功能还需要进一步分析和挖掘。有科学家发现，SNP位点可以通过影响miRNA,从而引起疾病的发生与发展，所以研究miRNA相关的SNP位点是非常有意义的。

MirSNP数据库就是一个存储了miRNA相关SNP位点的数据库，网址如下

http://bioinfo.bjmu.edu.cn/mirsnp/search/

该数据库中包含两种miRNA相关的SNP位点，一种是位于pre-miRNA的gene上的SNP位点，这些SNP位点直接对miRNA的生成产生影响，分析过程示意如下

直接根据miRNA前体基因的染色体位置进行查找，筛选出位于该区域的SNP位点。

另外一种就是一开始讨论的位于miRNA集合区域的SNP位点，这些SNP位点可能会对miRNA与mRNA的结合造成影响, 分析过程示意如下

根据miranda软件预测的miRNA结合区域信息，查找位于结合区域内的SNP位点。

官网提供了多种检索功能，以single search为例进行说明，搜索框如下

支持Gene, mRNA, SNP, miRNA多种查询数据，可以根据不同人群中的MAF频率对SNP位点进行筛选，Bingding map会显示miRNA和mRNA结合区域的详细信息，检索结果如下所示

mirSVR是mirRanda软件给出的miRNA结合的打分值，Effect是分析SNP位点对miRNA集合的影响，create代表SNP发生导致mRNA上拥有了miRNA结合位点，enhance代表SNP发生导致了miRNA结合区域更加稳定，break代表SNP发生会导致失去了miRNA结合位点，decrease代表SNP发生导致miRNA集合区域稳定性下降。

Score值是miRanda给出的miRNA结合区域稳定性的打分，数值越大，代表miRNA与mRNA结合形成的复合体结构越稳定，Energy代表复合体的自由能，conservation代表结合区域保守性的打分。

这个数据库依赖的miRBase, dbSNP数据库的版本示意如下

在现在看来，版本都比较旧了，但是它的分析思路仍然值得参考，我们可以利用新版本数据库中的信息，自己整理出miRNA相关的SNP位点信息。

·end·

—如果喜欢，快分享给你的朋友们吧—

扫描关注微信号，更多精彩内容等着你！

MirSNP:miRNA相关SNP位点数据库相关推荐

LincSNP:lncRNA相关SNP位点数据库
欢迎关注"生信修炼手册"! lncRNA在疾病的发生与发展中发挥着重要作用,但是具体的角色是什么,就需要深入挖掘和探究. 在过去通过GWAS分析鉴定出了非常多的与疾病相关的SNP位 ...
iRegNet3D:疾病相关SNP位点在三维调控网络中的作用
欢迎关注"生信修炼手册"! iRegNet3D将疾病相关的SNP位点与染色质互作联系起来,以此来探究SNP在疾病中的具体功能机制,对应文章的链接如下 https://genomeb ...
lncRNASNP:SNP位点对lncNA结构和lncRNA-miRNA影响的数据库
欢迎关注"生信修炼手册"! lncRNASNP数据库收集整理了人和小鼠中位于lncRNA基因上的SNP位点信息,通过以下两种思路将lncRNA与SNP结合起来探究SNP位点对于l ...
寻找与疾病相关的SNP位点——R语言从SNPedia批量提取搜索数据
SNP是单核苷酸多态性,人的基因是相似的,有些位点上存在差异,这种某个位点的核苷酸差异就做单核苷酸多态性,它影响着生物的性状,影响着对某些疾病的易感性.SNPedia是一个SNP调査百科,它引用 ...
「群体遗传学实战」第一课: 对SNP位点进行注释
文章我们用于实战的数据集来自于2019年发表于NG的西瓜文章,它提供了GATK过滤后的SNP数据集用于分析,并且附录提供了完整的样本信息.该SNP数据集包括414个西瓜,2000万个SNP信息,数据 ...
生信技能04 - 生信分析所需致病SNP位点Excel文件制作教程
致病SNP位点Excel文件制作教程在生信分析项目中,有遗传相关的项目会涉及到SNP位点的查找,将该SNP位点文件作为程序输入文件,本文将介绍如果通过NCBI查看目标基因的致病SNP位点,并制作成可 ...
大豆SNP位点查找V2.0
大豆SNP位点查找V2.0 from time import perf_counter import csv import timestart = perf_counter()f = open(&qu ...
MNDR:哺乳动物中与疾病相关的ncRNA数据库
欢迎关注"生信修炼手册"! 随着科学研究的不断进步,科学家发现不编码蛋白的ncRNA与很多疾病的发生发展密切相关.MNDR通过收集文献和整理相关的公共数据库,整合了lncRNA,m ...
miRPath:miRNA相关GO和KEGG功能分析
欢迎关注"生信修炼手册"! 对于mRNA数据,我们经常通过GO和KEGG富集分析来进行功能分析,对于miRNA数据而言,我们可以通过miRNA对应的mRNA来研究miRNA相关功能 ...

最新文章

热门文章