lncRNASNP:SNP位点对lncNA结构和lncRNA-miRNA影响的数据库

2024-05-28 05:48:13

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lncRNASNP数据库收集整理了人和小鼠中位于lncRNA基因上的SNP位点信息，通过以下两种思路将lncRNA与SNP结合起来

探究SNP位点对于lncRNA结构的影响
分析SNP位点对于lncRNA与miRNA结合的影响

除此之外，还提供了lncRNA,SNP在TCGA数据库中的相关信息，比如lncRNA在各种肿瘤中的表达谱，SNP位点在各种疾病中的突变情况。该数据库的网址如下

http://bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRNASNP2

对于一个lncRNA, 包含了以下几种信息

1. 基本信息

2. 位于lncRNA上的SNP位点

包含以下3种来源的SNP位点

dbsnp
TCGA
Cosmic

以dbsnp数据库为例，结果示意如下

3. lncRNA相关疾病

包含lncDisease数据库中提供的实验证据支持的相关疾病和使用TAM软件预测的信息，示意如下

4. lncRNA与miRNA结合位点信息

采用软件预测lncRNA与miRNA结合区域信息，一个lncRNA会存在多个miRNA结合位点，示意如下

点击每个miRNA，可以看到软件预测的详细结果

采用了Pita, MiRanda, TargetScan3款软件进行预测。

4. SNP位点对lncRNA-miRNA结合的影响

包括以下两种影响

gain
loss

gain指的是原本lncRNA与miRNA没有结合位点，突变之后的lncRNA与miRNA存在结合位点，loss则与之相反，示意如下

5. lncRNA在TCGA数据库中的表达谱

采用柱状图的形式展示在不同肿瘤中的表达谱数据，示意如下

官网还提供了在线工具，可以分析突变位点对于lncRNA-miRNA结合的影响以及SNP对于lncRNA二级结构的影响，如下所述

1. 突变位点对lncRNA-miRNA结合的影响

只需要输入lncRNA的野生型序列和突变型序列，采用上述的3种软件预测miRNA与两种序列的结合位点，从而分析突变对于lncRNA-miRNA结合的影响，示意如下

2. SNP对于lncRNA二级结构的影响

采用RNAsnp软件预测snp位点对于lncRNA二级结构的影响，示意如下

官网还提供了很多的功能，具体用法请移步官网自行探究。

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