文章目录

  • 一、打开 PyMOL
  • 二、开始表演
    • 依次在 pymol 中间的框框里输入下面的命令
  • 输出结果会在你运行 pymol 的目录里

一、打开 PyMOL

ubuntu 安装 pymol 教程

二、开始表演

依次在 pymol 中间的框框里输入下面的命令

fetch 1OYT
remove resn HOH
h_add elem O or elem N
select 1OYT-FSN, resn FSN #Create a selection called 1OYT-FSN from the ligand
select 1OYT-receptor, 1OYT and not 1OYT-FSN #Select all that is not the ligand
save 1OYT-FSN.pdb, 1OYT-FSN
save 1OYT-receptor.pdb, 1OYT-receptor

输出结果会在你运行 pymol 的目录里

使用 PyMOL 将靶点与配体复合物中的靶点和配体拆出来相关推荐

  1. 多尺度生成扩散模型预测蛋白-配体复合物结构的动态骨架

    今天给大家介绍的是来自加州理工大学Zhuoran Qiao和NVIDIA团队发表在arxiv上的预印本<DYNAMIC-BACKBONE PROTEIN-LIGAND STRUCTURE PRE ...

  2. 分子模拟软件amber_分子模拟软件Discovery Studio教程(十):构建基于受体-配体复合物药效团模型...

    Discovery Studio™ (简称DS)是专业的生命科学分子模拟软件,DS目前的主要功能包括:蛋白质的表征(包括蛋白-蛋白相互作用).同源建模.分子力学计算和分子动力学模拟.基于结构药物设计工 ...

  3. 基于蛋白-配体复合物药效团药物设计(Pharmacophore)

    基于蛋白-配体复合物药效团药物设计(Pharmacophore) step 1.蛋白-配体复合物准备 点击File-->Import Structures导入之前已经下载好的1IEP.pdb(A ...

  4. 非因解读 | RPPA在肿瘤细胞系中药物靶点蛋白检测的大规模应用

    RPPA在肿瘤细胞系中药物靶点蛋白检测的 大规模应用 癌症作为多基因的高度克隆异质性疾病,在不同的肿瘤条件下,对药物治疗反应往往是不同的.在过去的二十年中,靶向肿瘤细胞作为癌症分子生物学研究领域最为火 ...

  5. Java 中的自动装箱和拆箱详解

    自动装箱是 Java 编译器在基本类型和它们对应的包装类之间进行的自动转换.例如,将 int 类型转换为 Integer 类型,将 double 类型转换为 Double 型等等.如果转换以相反的方式 ...

  6. 如何在细胞疗法CAR-T靶点同质化激烈竞争中突围?

    6月22日,NMPA公示,复兴凯特CD19靶点自体CAR-T细胞治疗产品阿基仑赛注射液正式获批,这意味着我国迎来首款获批上市的CAR-T细胞治疗产品. Insight数据库显示,目前有20多家企业布局 ...

  7. 将蛋白质pdb文件中的受体和配体的残基序号重新排序

    以N作为每次更改氨基酸残基序号的标志,然后每次增加1. 设置count, res_num两个排序的参数 设置cur_res和nex_res两个对比的参数 注意受体和配体都要从1开始排序,所以设置sta ...

  8. Java中的自动装箱和拆箱

    自动装箱和拆箱 自动装箱和拆箱 自动装箱: 拆箱 1. 为什么要有包装类(或封装类) 2. 基本数据类型与对应的包装类: 3. 类型间的转换 4. 何时发生自动装箱和拆箱 赋值.数值运算时 方法调用时 ...

  9. java的自动装箱和拆箱,Java中的自动装箱和拆箱是什么?

    当我们用任何语言编写程序时,大多数时候我们使用原始数据类型,.但是,在面向对象编程领域,有些情况下原始数据类型会出现不足,而Java就是其中之一.为了克服原始数据类型的缺点,我们 当我们用任何语言编写 ...

最新文章

  1. Download interrupted: URL not found.
  2. android引用的java包_Android开发中jar包的创建及引用
  3. Spark 1.2 编译
  4. java集合表_java集合类散列表
  5. 作业调度框架 Quartz.NET 2.0 StepByStep
  6. el表达式 循环_EL表达式+JSTL+Ajax 047
  7. horizontalscrollview+textview简单版
  8. 结构动力学MATLAB编程例题,Matlab有限元结构动力学分析与工程应用(源程序)
  9. Zotero文献题录和附件如何导入到NoteExpress?
  10. proteus仿真运行时出现的错误
  11. python怎么找出列表中的重复数据_找出python列表中重复项的方法
  12. 假定一种编码的编码范围是a-y的25个字母,形成一个数组如下: a,aa,aaa,aaaa,aaab,aaac,...yyyy 其中a的Index为0aa的Index为1aaa为2,以此类推。
  13. 系统找不到指定的文件
  14. PHP对接苹果支付全流程
  15. 【作业分享】Reverse Polish Notation | 数据结构·stack
  16. C标签是什么,为什么要使用C标签,有哪些常见的指令?
  17. 谈谈我的学习工作经历,自学linux去中兴上班
  18. JO Smart聚视频 TV端软件
  19. 集成灶怎么选品牌(拒绝陷阱避坑指南)
  20. 2021年氧化工艺新版试题及氧化工艺复审考试

热门文章

  1. gym 101657 D
  2. django框架之模板系统
  3. 操作数据库pymysql
  4. Java是如何实现跨平台运行的
  5. 使用本地计划任务定时关闭azure虚拟机
  6. Vmware workstation 安装解压 vmwaretools 提示只读文件
  7. Oracle数据库安装时 environment variable path 大于 1023
  8. vs发布项目webconfig替换语法
  9. (转)对各种初始化函数的理解:OnInitDialog、InitInstance、InitApplication函数的理解...
  10. Bind Service 不会在后台无限期的一直运行