分子模拟软件amber_分子模拟软件Discovery Studio教程(十)：构建基于受体-配体复合物药效团模型...

Discovery Studio™ (简称DS)是专业的生命科学分子模拟软件，DS目前的主要功能包括：蛋白质的表征（包括蛋白-蛋白相互作用）、同源建模、分子力学计算和分子动力学模拟、基于结构药物设计工具（包括配体-蛋白质相互作用、全新药物设计和分子对接）、基于小分子的药物设计工具（包括定量构效关系、药效团、数据库筛选、ADMET）和组合库的设计与分析等。

本章节利刃君为大家带来了使用Discovery Studio 2016构建基于受体-配体复合物的药效团模型教程。

一、蛋白准备

当蛋白受体和其抑制剂复合物的结构已知时，我们可以从其复合物结构中获取抑制剂中对活性贡献较大的基团及其空间分布，因此，构建基于受体-配体复合物的药效团模型对寻找潜在的抑制剂非常有用。

本期教程以信号传导和转录激活因子 3以及其抑制剂为例进行基于受体-配体复合物的药效团模型的构建。点击File>Open URL...，输入PDB ID:6njs，导入蛋白文件（或从PDB数据库下载好晶体结构，再导入至软件中）。

在工具栏中点击Macromolecules>Prepare Protein，在工具面板中点击Prepare Protein...打开蛋白准备窗口，设置Input Protein 为6njs:6NJS，其余参数采用默认设置，点击Run运行。

待任务完成后，点击View Results查看结果。

二、配体分子准备

在菜单栏点击File>New>Molecule Window创建一个新的分子窗口。

在6NJS_prep 窗口中点击选中蛋白中第二个A 链，即配体分子，单击鼠标右键选择Cut，并paste到上述新建的分子窗口中。

点击菜单栏中的Structure>Crystal Cell>Remove Cell，点击选中6NJS并单击鼠标右键，选择最后一项Attribute of 2irz...，将Name 改为Ligand。

为了验证所构建药效团模型命中活性分子的能力，我们需要准备测试集分子，包括已知的活性小分子以及非活性小分子。

打开事先准备好的活性分子active.mol2（包括52个活性分子）以及非活性分子inactive.mol2（包括23个非活性分子）。

三、药效团模型的构建与验证

在工具栏中，点击Pharmacophores>Create Pharmacophores Automatically>Receptor-Ligand Pharmacophore Generation。

设置Input Receptor 为6NJS_prep:6njs，设置受体；

Input Ligand 为Molecule:ligand，设置原配体分子；

将Validation 设为True，并展开Validatioion，设置Active Ligands 为active:All，Inactive Ligands 为inactive:All。设置测试集分子，包括活性分子与非活性分子；

其余参数采用默认设置。

点击Run运行任务，等待任务完成即可。

以上就是利刃君为大家带来的使用Discovery Studio 2016 软件构建基于受体-配体复合物药效团模型教程啦！

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