基于蛋白-配体复合物药效团药物设计(Pharmacophore)
基于蛋白-配体复合物药效团药物设计(Pharmacophore)
step 1.蛋白-配体复合物准备
点击File-->Import Structures
导入之前已经下载好的1IEP.pdb
(Abl蛋白和Imatinib的晶体复合物)
蛋白准备:点击Tasks--->Protein preparation
,参照分子对接部分准备蛋白
step 2.蛋白-配体复合物药效团构建
点击Tasks-->
输入Phase-->
选择Develop Pharmacophore Hypothesis
,打开对应面板
设置Develop Pharmacophore Hypothesis
面板参数
勾选Create receptor-based excluded volume shell
;可以对排阻体积进行的缩放和半径大小进行更改,还可以控制外壳的厚度以及与添加排阻体积的配体之间的距离,以获得更优的药效团模型。
设置药效团名称并创建
设置药效团模型的名字为Hypothesis_proteinLigand
,点击 Create 创建药效团模型,该模型包括4个药效团特征:A1、A4、D5、D6
step3.蛋白-配体复合物药效团结果分析
注意:其他分析与基于多配体的药效团类似, 可以参考之前的笔记,这里省略。。。。
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