教程 | “美好体验”本地 BLAST 基因功能鉴定

我突然觉得，TBtools 应该有一个愿景，亦即：让数据分析成为一种享受，而不是折磨。

写在前面

在过去的一个月内，TBtools每天都在更新。而几乎所有更新都只有一个目的，那么就是进一步支持“BLAST Zone”。详细更新细节，可以在这一教程中体现出来。而教程的主题，我还是稍微想了一下，尽量贴合了具体数据分析常常出现的场景。
在我们拿到一个基因序列时，我们最感兴趣的或许就是这个基因到底具有什么功能，而对于编码基因，那么就是具体编码具有什么功能的蛋白。
要开展这一分析，最常规有效的做法就是，直接到 Uniprot 或者 NCBI ，随后 BlastP 或者 BlastX 到 Swissprot 数据库。
这两个平台一个在北美一个在欧洲，我们常常需要等待等待再等待，也不一定进得去。所以最好的做法就是，直接本地 BLAST 数据库。
整体操作步骤如下：

下载Swissprot的蛋白序列文件；
打开 TBtools 的 BLAST Zone 功能，导入该文件；
搞定，后续有待查的蛋白或者核酸序列，直接填入，点 Start 即可分析。

可以发现，非常简单。下面逐步详解。

下载Swissprot的蛋白序列文件

直接打开链接

https://www.uniprot.org/downloads#uniprotkblink

可以看到 Swiss-Prot 字样，直接下载即可。

文件不大，大概是 86Mb，无需解压。

从 BLAST Zone 功能导入

打开 TBtools 并跳转到 BLAST Zone 功能（注意：建议更新到 TBtools v1.098668 或以上）

进入之后，按照下图新建一个数据库即可，

等待建库完成，即可看到

注：BLAST Zone 详细功能与具体使用可参考前述推文。

序列功能注释

接下来的内容就非常简单，只要想进行序列功能注释，无论是 1 个还是 10000 个，直接放到 TBtools 里面，点击 Start 即可。（10以上的建议用文件模式输入）。
操作简单，如下图。几个序列，运行起来非常快（而且是 BLAST 原生，非常准确）

得到结果后

关于BLAST结果的快速文本浏览

事实上，过去一个月，在TBtools开发上投入的时间，基本就是在优化 Big Text View。这个功能看起来和 TBtools 没半毛钱关系，但是他却是重点。往往我们 BLAST得到的文件不一定很小。要快速打开和检索，事实上是需要时间的（后续会有更方便了完美的BLAST结果分析功能推出）。这里支持了一个文本检索操作。如下

我们只需要简单的双击该项目，文档会自动跳转到对应行

写在最后

咋说呢？有时候我们确实可能很长时间看不到进步，因为每一次进步，都很微小。但是呢，久而久之，就是很大的进步。如果用四字成语来说：滴水石穿，绳锯木断。