基因功能预测工具-HMMER的安装
最近几天需要集中安装软件,尤其是不需要conda安装的,存在依赖的软件,尽量的自己去配置环境变量,针对个别在安装时报错的软件,简单记录一下,等过段时间有了数据后,会再具体的写一些这些软件的具体使用方法,结果解读。先简单说一下HMMER安装过程吧。
从功能基因研究的角度来讲,相关的搜索,比如从序列数据库中,找同源的序列,或者对一个新的基因功能进行鉴定,使用hmmer比使用blast有着更高的灵敏度以及更高的搜索速度,但其应用远没有blast普及。
- 下载官网
http://hmmer.org/
下载后tar -zxvf 解压, cd
./configure --prefix=/public/home/myname/software/hmmer-3.3.2
发现提醒No python3 found,看样子这个软件依赖python3,而服务器上安装的是python2.7.5,下载python3。
下载链接:https://www.python.org/ftp/python/3.7.0/
然后tar -xzvf Python-3.7.0.tgz解压
./configure --prefix=/public/home/myname/software/Python-3.7.0
make
make install
运行完后,出现下面结果,提示安装成功,然后修改环境变量:
修改环境变量
vi ~/.bashrc
exportPATH=“$PATH:/public/home/myname/software/Python-3.7.0/bin”
source~/.bashrc
再重新对HMMER进行编译,解决
然后make && make install, 进入bin/目录下,试一下,出现下面信息,提示安装成功。
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