sra-toolkit报错：An error occured: SetCurrentDirectory: 目录名称无效。

@[TOC]sra-toolkit报错：An error occured: SetCurrentDirectory: 目录名称无效。

注：本篇文章是抱着：总不可能只有我犯这种愚蠢的错误吧！想法写下的，也给自己记录留个档

sra-toolkit报错：An error occured: SetCurrentDirectory: 目录名称无效。

用如下命令查看fasterq-dump的使用说明

fasterq-dump -h

如图所示，fasterq-dump的作用对象是文件路径

而在此之前，我在使用fasterq-dump命令时，都作用向了具体的文件名，因此报了这个错，所以很简单的做法就是将作用的对象改为包含sra文件的文件夹路径即可
例如

fasterq-dump -O .\SRR2753143 F:\Bioinformatic_data\sra\SRR2753143

-O或是–outdir参数可以指定输出到的文件夹位置

反思：
之前下载数据的时候头铁没有使用prefetch，而是自己用浏览器硬下载下来，这样把所有的sra文件存在了一个文件夹里面，而不是使其每个sra文件单独放在一个以他的sra序号命名的文件夹里面，导致后续程序执行也出了问题。
sra-tools的说明文档较为详尽地介绍了prefetch与fasterq-dump结合获取fastq文件的使用流程。
其中有几个注意点：

prefetch下载下来的sra文件会默认保存在其同名文件夹中，而即使要移动该文件夹，也不要将该文件夹重命名
相较于以前的fastq-dump命令，现在的fasterq-dump会默认使用参数–split-3，而且这个命令会比fastq-dump更快。一些两者间的差异如下：

此外，fasterq-dump没有自动压缩的选项了，拆分后的fastq文件需自己转换为gz格式。
我所参考的批量转换代码：

for i in *sra
do
echo $i
/path/sratoolkit.2.3.5-2-mac64/bin/fastq-dump --split-3 $i
done

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