DNA序列转换为RNA序列
1、Python文件DNA转RNA
#!/usr/bin/python2 #-*- coding:utf-8 -*-3 "将DNA序列转换为RNA序列,即将T转换为U即可,利用字符串的replace方法"5 f=open('./test.txt', 'r')6 line=f.read()7 dna2rnaline=line.replace('T', 'U')8 f.close()9 f=open('./test.txt', 'w')
10 line=f.write(dna2rnaline)
11 f.close()#了解DNA序列和RNA序列的碱基差别
2、利用BioJava将DNA序列转录成RNA序列,在Biojava中,DNA和RNA序列以及标志链(SymbolList)使用不同的字母表。你可以使用RNATools的静态方法transcribe()将DNA转录成RNA。
a、
import org.biojava.bio.symbol.*;
import org.biojava.bio.seq.*;
public class TranscribeDNAtoRNA {
public static void main(String[] args){
try{
// 创建一条DNA标志链
SymbolList symL = DNATools.createDNA("atgccgaatcgtaa");
// 转录成RNA
SymL = RNATools.transcribe(symL);
// 证明它的效果
System.out.println(symL.seqString());
}
catch(IllegalSymbolException ex){
// 如果标志不合法报错
ex.printStackTrace();
}
catch(IllegalAlphabetException ex){
// 如果不是DNA字母表报错
ex.printStackTrace();
}
}
}
b、
package addnumber;
import java.io.BufferedReader;
import java.io.BufferedWriter;
import java.io.FileNotFoundException;
import java.io.FileReader;
import java.io.FileWriter;
import java.io.IOException;
public class add {
public static void main(String args[]) throws IOException
{
BufferedReader br=null;
BufferedReader br_2=null;
BufferedWriter bw = null;
br=new BufferedReader(new FileReader("C:/Users/dell/Desktop/CCDC101.txt"));
br_2=new BufferedReader(new FileReader("C:/Users/dell/Desktop/CCDC101_2.txt"));
bw = new BufferedWriter(new FileWriter("C:/Users/dell/Desktop/C.fasta"));
String lineString = null;
String lineString_2 = null;
int i = 0;
while ( br.ready()) {
i++;
// BufferedReader 的readline 方法,直接读取一行数据
lineString = br.readLine();
if (lineString.equals("")) {
break;
} else {
String lineString1 = ">" + i;
bw.write(lineString1);
bw.newLine();
lineString=lineString.replace('T', 'U');
bw.write(lineString); // 写入一行数据
bw.newLine(); // 另起一行
}
}
br.close();
int j = 0;
while (br_2.ready()) {
j++;
// BufferedReader 的readline 方法,直接读取一行数据
lineString_2 = br_2.readLine();
if (lineString_2.equals("") ) {
break;
} else {
String lineString2 = ">" + j+"_";
bw.write(lineString2);
bw.newLine();
lineString_2=lineString_2.replace('T', 'U');
bw.write(lineString_2); // 写入一行数据
bw.newLine(); // 另起一行
}
}
br_2.close();
bw.close();
}
}
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