Rosalind: DNA核苷酸计数和DNA翻译成RNA

DNA核苷酸计数

问题描述：给定一行核苷酸序列，长度最长为1000 nt, 返回其中'A', 'T', 'C', 'G'出现的次数

C代码如下：

#include <stdio.h>
#include <string.h>
#include <ctype.h>
#include "dbg.h"
#define MAX_SIZE 1001int main( int argc, char *argv[])
{check(argc == 2, "Need an argument"); FILE *filein ;if( ( filein = fopen(argv[1], "r")) == NULL){printf("unable to open %s \n", argv[1]);return 1;} char nucl[MAX_SIZE];char *in = NULL;in = fgets(nucl, MAX_SIZE - 1, filein);check(in != NULL, "Failed to read file");// countint count =0;char letter;int A_NUM = 0, T_NUM = 0, C_NUM = 0 , G_NUM = 0;for ( count = 0; nucl[count] != '\0' && nucl[count] != '\n'; count++){letter = toupper(nucl[count]);switch(letter){case 'A':A_NUM ++;break; case 'T':T_NUM ++;break; case 'C':C_NUM ++;break; case 'G':G_NUM ++;break; default:printf("%d: %c is not a valid base\n", count, letter);}}printf("A\tC\tG\tT\n");printf("%d\t%d\t%d\t%d\t\n",A_NUM, C_NUM, G_NUM, T_NUM); fclose(filein);return 0;
error:return -1;
}

DNA转录成RNA

问题描述： RNA由A, C, G, U组成，其中U是对应DNA编码链上的T。给定一段编码链上的序列，将其翻译成RNA序列。

C代码如下：

#include <stdio.h>
#include <ctype.h>
#include "dbg.h"
#define LINE_MAX 80int main(int argc, char *argv[])
{check(argc == 2, "USAGES: ./RNA file");char *filename = argv[1]; FILE *in = fopen(filename, "r");check(in != NULL, "unable to open file");char line[LINE_MAX];int i = 0;while ( (fgets(line, LINE_MAX - 1, in)) != NULL){for (i = 0; line[i] != '\0'; i++){int base = toupper(line[i]);if ( base == 'T'){printf("%c", 'U');} else{printf("%c", base);}}}printf("\n");return 0;
error:return -1;}

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