Python生物信息学①将RNA序列翻译成蛋白质序列。

环境

OS version      : Win10 x64
python_version  : Python 3.6.5

实例代码

codon_table = {'GCU':'A', 'GCC':'A', 'GCA':'A', 'GCG':'A', 'CGU':'R', 'CGC':'R',   'CGA':'R', 'CGG':'R', 'AGA':'R', 'AGG':'R', 'UCU':'S', 'UCC':'S','UCA':'S', 'UCG':'S', 'AGU':'S', 'AGC':'S', 'AUU':'I', 'AUC':'I','AUA':'I', 'UUA':'L', 'UUG':'L', 'CUU':'L', 'CUC':'L', 'CUA':'L','CUG':'L', 'GGU':'G', 'GGC':'G', 'GGA':'G', 'GGG':'G', 'GUU':'V','GUC':'V', 'GUA':'V', 'GUG':'V', 'ACU':'T', 'ACC':'T', 'ACA':'T','ACG':'T', 'CCU':'P', 'CCC':'P', 'CCA':'P', 'CCG':'P', 'AAU':'N','AAC':'N', 'GAU':'D', 'GAC':'D', 'UGU':'C', 'UGC':'C', 'CAA':'Q','CAG':'Q', 'GAA':'E', 'GAG':'E', 'CAU':'H', 'CAC':'H', 'AAA':'K','AAG':'K', 'UUU':'F', 'UUC':'F', 'UAU':'Y', 'UAC':'Y', 'AUG':'M','UGG':'W','UAG':'STOP', 'UGA':'STOP', 'UAA':'STOP'}

# 读取RNA序列字符串
rna = ''
for line in open('A06662-RNA.fasta'):if not line.startswith('>'): rna = rna + line.strip()

# translate one frame at a time
for frame in range(3):prot = '' print ('Reading frame ' + str(frame + 1))for i in range(frame, len(rna), 3):codon = rna[i:i + 3]if codon in codon_table:if codon_table[codon] == 'STOP':prot = prot + '*'else: prot = prot + codon_table[codon]else:# handle too short codonsprot = prot + '-'   # format to blocks of 48 columnsi = 0while i < len(prot):print (prot[i:i + 48])i = i + 48

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