mirna富集分析_miRNA芯片数据挖掘文章套路

2024-05-02 23:12:28

今天我们给大家介绍下生信自学网的” miRNA芯片数据挖掘文章套路”课程，该课程根据最新发表的3-5分文章录制。课程即适用于肿瘤的研究，也适用非肿瘤的其他疾病的研究。

课程的核心是从GEO下载miRNA和mRNA芯片，进行联合分析，构建mirna和mRNA的调控网络。我们从GEO数据库下载miRNA和mRNA数据，分别进行差异分析，得到差异的miRNA和mRNA。然后，对差异的miRNA进行靶基因预测，再将靶基因与差异mRNA取交集，构建mirna和mRNA的调控网络。

课程的亮点是直接对miRNA进行富集分析，得到miRNA富集的TF、GO和KEGG。学习了本课程学员有福了，如果需要做miRNA的富集分析，不需要通过靶基因间接做富集分析，而是直接输入miRNA，就可以得到miRNA富集分析的结果！！！

microRNA(miRNA)是一类能够调节基因表达的短单链內源非编码RNA(约22nt)，通过与互补的mRNA选择性地结合抑制蛋白的产生，广泛存在于动物、植物、病毒等多种有机体中。

在培训的过程，很多学员对miRNA的命名有疑问，生信自学网给大家介绍下miRNA的命名规则：命名包含三部分内容，即物种，microRNA类别，序号。三者间用短线连接。

1. 物种一般用三个小写字母表示，如hsa,mmu和rno分别代表人，小鼠和大鼠。

2. MicroRNA类别是指所命名的microRNA是pre-miRNA还是mature miRNA。pre-miRNA用mir表示，maturemiRNA用miR表示。

3. 序号为一阿拉伯数字，代表microRNA发现的先后。一般而言，数字越小，发现越早。位于基因组不同部位但产生同样的mature miRNA的pre-miRNA在序号后添加短线和阿拉伯数字以示区别，如hsa-mir-7-1, hsa-mir-7-2, hsa-mir-7-3。

有些pre-miRNA可以产生两个mature miRNA。对应pre-miRNA茎环结构5' 和3' 序列的mature miRNA分别加后缀-5p和-3p以示区分，如hsa-miR-769-5p和hsa-miR-769-3p。

对于仅相差1-2个碱基的mature miRNA，加一个小写字母后缀以示区别，如hsa-miR-19a, hsa-miR-19b。

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