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共有16种特征性基因结构(SV)突变

一、典型的结构突变(SV)

剪切-粘贴式(左上):1. 基因缺失,缺失片段(灰色)前后基因连接2. 基因倒序,基因在原位置上首尾倒序(黄色)3. 复制+倒序,基因扩增后,倒序(青色)接入原有基因(存在基因缺失-灰色)4. 不平衡易位,两段均有缺失的基因相连接5. 基因易位,两条基因断裂后,断段互换,接入另一条基因的断点
串联重复(右上):一个或多个核苷酸前后相连接的重复,ATTCGATTCGATTCG,其中的ATTCG在这里重复了三次
复杂结构突变(左下)1. 基因编织(Chromoplexy),涉及多条基因易位2. 基因碎裂(Chromothripsis),一条DNA多个基因片段缺失+多个片段正序/倒序易位
复杂结构突变(右下)1. Local–distant cluster,两条DNA,其一的基因片段重复,插入在两个DNA基因缺失的部位,并连接两条DNA2. Local n-jump,一条DNA的基因片段断裂、不同程度复制后,正序/倒序的接入原有断点3. Cycle of templated insertions,多条DNA的多个基因片段断裂、不同程度复制后,正序接入某条DNA原有断点

二、结构突变(SV)发生的频率

a. b. c. 如CNS-GBM 有38种结构突变,其中无法分类的复杂SV基因断点最多,b.c.分别是食道腺癌及卵巢腺癌情况

三、链状、环状、桥状基因结构突变举例

a. 子宫内膜腺癌 b. 卵巢腺癌 c. 宫颈腺癌 d.e.肝腺癌

子宫内膜癌:10号,6号,2号染色体基因片段,正序/倒序连接后,接入10号、6号或2号染色体原有断点(典型的环状插入突变)

四、Local n-jumps 和 Local-distant clusters

Local n-jumps:发生于一条染色体,n个基因片段断裂后,顺序或逆序连接(其中有片段多复制现象),后插入某个原有断点
Local-distant clusters:上述现象发生于多条染色体

五、插入/缺失基因片段大小及部分涉及的基因SV特征

六、肿瘤结构突变(SV)概况

a. 12种常见的特征性SV

b. 常见的致癌基因特征性SV

BRAC2基因可出现小的缺失,不平衡易位(Unbal trans)和基因易位(Recip SV)


--------------------华丽的分割----------

五、肿瘤全基因组学体细胞结构突变特征(Patterns of somatic structural variation in human cancer genomes)相关推荐

  1. 四、肿瘤全基因组学体细胞点突变特征(The repertoire of mutational signatures in human cancer)

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