Mind the Gap: Upgrading Genomes with Pacific Biosciences RS Long-Read Sequencing Technology

请注意这个Gap:使用太平洋生物科学公司的长读测序技术升级基因组

利用桑格毛细管电泳和/或更新的短读序列数据和全基因组组装技术，许多基因组已经被测序到高质量的草案状态。

然而，由于输入数据和用于构建草稿程序集的技术的限制，即使是最好的草稿基因组也包含缺口和其他缺陷。

测序偏差、重复的基因组特征、基因组多态性和其他复杂的因素一起使一些区域难以或不可能组装。

传统上，草案基因组被升级到阶段3完成状态使用耗时和昂贵的基于sanger的手工整理过程。为了更方便地装配和自动完成草案基因组，我们在这里提出了一种使用来自太平洋生物科学RS (PacBio)平台的长读来完成的自动化方法。

我们的算法和相关的软件工具PBJelly(可在https://sourceforge.net/projects/pb-jelly/上公开获得)在参考引导的装配过程中使用长序列读取来自动化完成过程。PBJelly还提供升降坐标表，以便将现有的注释轻松地移植到升级后的程序集。

使用PBJelly和long PacBio reads，我们升级了模拟果蝇melanogaster的草案基因组序列、版本2的草案果蝇伪库、assembly athon 2.0虎皮鹦鹉数据集的一个装配，以及一个初步装配了乌黑的mangabey。通过24个PacBio长阅读的地图覆盖，我们解决了99%的空白，并能够关闭69%，提高了12%的D. pseudoobscura的所有空白。通过4个PacBio长读的地图覆盖，我们发现reads解决了budgerigar组装中的63%的缺口，其中32%被关闭，63%得到了改进。通过6.8幅mangabey PacBio long-reads地图覆盖，我们解决了97%的空白，填补了66%的空白，提高了19%。通过对原始D. pseudoobscura草稿组件的间隙进行Sanger测序，验证了间隙闭合的准确性，并表明其依赖于初始参考质量。

Mind the Gap: Upgrading Genomes with Pacific Biosciences RS Long-Read Sequencing Technology相关推荐

第三代测序之Pacific Biosciences
第三代测序之Pacific Biosciences 已有 3080 次阅读 2011-12-23 08:37 |系统分类:科研笔记|关键词:class,face| class, face |文章来源: ...
Comprehensive comparison of Pacific Biosciences and Oxford Nanopore Technologies and their applicati
Comprehensive comparison of Pacific Biosciences and Oxford Nanopore Technologies and their applicati ...
Long-read sequencing for improved analysis
OEM代工 ,NGS ,Tecan合作 ,基因组学 ,Cavro ADP 下一代测序现已在整个生命科学领域得到广泛使用,但是常用的短读测序方法经常会受到GC碱基对的影响.结合短读数固有的作图模糊性,通 ...
《保护我们的数字遗产：DNA数据存储》白皮书发布
编者按: 2020年10月,Twist Bioscience.Illumina.Western Digital(西部数据).微软研究院等公司和机构联合成立DNA数据存储联盟(DNA data stor ...
Chromosome-scale assemblies of plant genomes using nanopore long reads and optical maps
Chromosome-scale assemblies of plant genomes using nanopore long reads and optical maps Caroline Bel ...
MPB：深大李猛组-基于PacBio SMRT三代测序的红树林沉积物真菌群落的研究
为进一步提高<微生物组实验手册>稿件质量,本项目新增大众评审环节.文章在通过同行评审后,采用公众号推送方式分享全文,任何人均可在线提交修改意见.公众号格式显示略有问题,建议电脑端点击文末阅 ...
Advantages of genome sequencing by long-read sequencer using SMRT technology in medical area
因为短读长测序仪丢失了太多基因组元件信息,该团队用PacBio的长读长测序仪作为替代.他们写道:"与其他测序技术相比,PacBio RS II具有四个主要优点:长读长.高一致性.低偏差.同时 ...
Comparison of long-read sequencing technologies in the hybrid assembly of complex bacterial genomes
Comparison of long-read sequencing technologies in the hybrid assembly of complex bacterial genomes ...
Reconstructing complex regions of genomes using long-read sequencingtechnology
Reconstructing complex regions of genomes using long-read sequencingtechnology 对复杂区域大片段重复序列的组装仍然是基因组 ...

Mind the Gap: Upgrading Genomes with Pacific Biosciences RS Long-Read Sequencing Technology

Mind the Gap: Upgrading Genomes with Pacific Biosciences RS Long-Read Sequencing Technology相关推荐

最新文章

热门文章