R 包 pathview 代谢通路可视化
pathview R 包是一个集成 pathway 通路数据与可视化的工具集。它用于把用户的数据映射并渲染到相关的 pathway 通路图上,用户只需要提供基因或者化合物数据(gene or compound data)并指定目标通路(specify the target pathway)即可。
pathview 会产生 native KEGG view 和 Graphviz view 两种 pathway 查看方式,前者以 native KEGG graph (.png) 进行渲染,后者则使用 graphviz layout engine (.pdf)。pathview 作为主程序提供了 downloader, parser, mapper 以及 viewer 四部分功能:自动下载通路图表数据,解析并映射用户数据,最后把 mapped 的数据渲染到通路图上。
Pathview automatically downloads the pathway graph data, parses the data file, maps user data to the pathway, and renders pathway graph with the mapped data.
pathview 安装
在 R 命令行下 pathview 安装:
# pathview 依赖包
> source( "http://bioconductor.org/biocLite.R" )
> biocLite(c("Rgraphviz", "png", "KEGGgraph", "org.Hs.eg.db"))
# pathview 安装
> biocLite("pathview")
我们也可以通过 R-forge 的方式安装:
> install.packages("pathview", repos="http://R-Forge.R-project.org")
或者通过下载 pathview 的源码包进行安装,这里不介绍。
pathview 使用
利用 pathview 自带的 example 数据(data(package="pathview" 可查看 pathview 包所有的 example 数据)绘制人 hsa04110 通路图:
> library(pathview)
> data(gse16873.d)
> pv.out <- pathview(gene.data = gse16873.d[, 1], pathway.id = "04110", species = "hsa", out.suffix = "gse16873")
当前目录得到 hsa04110.gse16873.png 通路图:
其中 gene.data 接收的是矩阵(或向量)的基因数据,这些数据既可以是数值型(like log2 fold change or absolute expression levels)也可以是基因 id 数据(默认为 entrez 的 gene id,gene.idtype = "entrez"),取决于我们想要得到什么样的可视化结果。
使用 gene IDs 的数据,得到的 hsa04110.geneid.png 如下:
> pv.out <- pathview(gene.data = c("1029"), pathway.id = "04110", species = "hsa", out.suffix = "geneid")
pathview 是一款功能强大的工具集,除了可以展示规范信号通路图外,还支持代谢通路图。利用 pathview 的化合物、基因内置数据,绘制代谢通路图如下:
> data(demo.paths)
> sim.cpd.data = sim.mol.data(mol.type = "cpd", nmol = 3000)
> i <- 3
> print(demo.paths$sel.paths[i])
[1] "00640"
> pv.out <- pathview(gene.data = gse16873.d[, 1], cpd.data = sim.cpd.data, pathway.id = demo.paths$sel.paths[i], species = "hsa", out.suffix = "gse16873.cpd",keys.align = "y", kegg.native = T, key.pos = demo.paths$kpos1[i])
其中,cpd.data(与 gene.data 一样)为 KEGG 的化合物 IDs(KEGG compound IDs),CHEMBL 数据库中超过 20 种 ID 都可以用在这里。gene.data 与 cpd.data 不能同时为空。
ok,就先介绍到这里,更加详细的使用请参考:
http://pathview.r-forge.r-project.org/
https://www.rdocumentation.org/packages/pathview/versions/1.12.0/topics/pathview
本文分享自微信公众号 - 生信科技爱好者(bioitee)。
如有侵权,请联系 support@oschina.cn 删除。
本文参与“OSC源创计划”,欢迎正在阅读的你也加入,一起分享。
R 包 pathview 代谢通路可视化相关推荐
- 20W+喜爱的Pathview网页版 | 整合表达谱数据KEGG通路可视化
Pathview网站简介 网址:https://pathview.uncc.edu/ 前段时间介绍了一个R包 - Pathview.它可以整合表达谱数据并可视化KEGG通路,操作是先自动下载KEGG官 ...
- Microbiome:animalcules-交互式微生物组分析和可视化的R包
animalcules-交互式微生物组分析和可视化的R包 animalcules: interactive microbiome analytics and visualization in R Mi ...
- 多组学分析及可视化R包
文章来源:https://www.cnblogs.com/jessepeng/p/12597907.html 1. mixOmics 应该是在多组学领域知名度最高的一个R包,有专门的团队,做了十余年了 ...
- R语言使用timeROC包计算无竞争情况下的生存资料多时间AUC值、R语言使用timeROC包的plotAUCcurve函数可视化多时间生存资料的不同标记物情况下对应的AUC曲线、并进行对比
R语言使用timeROC包计算无竞争情况下的生存资料多时间AUC值.R语言使用timeROC包的plotAUCcurve函数可视化多时间生存资料的不同标记物情况下对应的AUC曲线.并进行对比 目录
- R语言使用GGally包的ggpairs函数可视化变量相关性分析图:包含散点图、密度图、柱状图、箱图等、并自定义数据点的大小
R语言使用GGally包的ggpairs函数可视化变量相关性分析图:包含散点图.密度图.柱状图.箱图等.并自定义数据点的大小 目录
- R语言使用hexbin包的hexbin函数可视化散点图、应对数据量太大、且有数据重叠的情况、普通散点图可视化效果变差的情况、提供了对六边形单元格的二元绑定、通过图例颜色标定每一个区域数据点的数量
R语言使用hexbin包的hexbin函数可视化散点图.应对数据量太大.且有数据重叠的情况.普通散点图可视化效果变差的情况.hexbin函数提供了对六边形单元格的二元绑定.通过图例颜色标定每一个区域数 ...
- R语言使用GGally包的ggparcoord函数可视化多变量的平行坐标轴图(parallel coordinates plot)、当排序点图的数据对象变多的可视化效果变差的时候
R语言使用GGally包的ggparcoord函数可视化多变量的平行坐标轴图(parallel coordinates plot).当排序点图的数据对象变多的可视化效果变差的时候 目录
- R语言使用scatterplot3d包的scatterplot3d函数可视化3D散点图(3D scatter plots)、在3D散点图中添加垂直线和数据点描影、3D图中添加回归平面
R语言使用scatterplot3d包的scatterplot3d函数可视化3D散点图(3D scatter plots).在3D散点图中添加垂直线和数据点描影.3D图中添加回归平面(overlaid ...
- R语言使用car包的scatter3d函数可视化可以交互旋转的3D散点图(Spinning 3D scatter plot by the scatter3d() function of car)
R语言使用car包的scatter3d函数可视化可以交互旋转的3D散点图(Spinning 3D scatter plot produced by the scatter3d() function i ...
最新文章
- python conrurrent
- Spark MLlib 机器学习
- 计算机网络:第五章 传输层
- 用Python解决数据结构与算法问题
- python伪造请求头x-forwarded-for的作用_Pyspider中给爬虫伪造随机请求头的实例
- python规模大小的指标是_训练数据多少才够用
- nodejs nodemailer
- 【教程搬运】廖雪峰Git的使用教程(一)
- UE4游戏提取的通用步骤(21_9_8)
- linux 终止作业任务命令,Linux中作业控制命令
- 将一个word文档按一页或多页拆分成多个文档
- nginx安装配置(图文教程)
- 华中师范大学计算机学院校友,院部动态丨计算机学院:酸甜苦辣咸——你最pick谁...
- 887-三维形体投影面积
- 推荐:俞敏洪的一分钟励志演讲
- matlab函数:度分秒转换为度、度分秒转弧度、弧度转度
- 下面属于python内置对象的有哪些_python练习题-写一个函数,打印所有包含copy方法的内置对象...
- 【自我管理】精力,而非时间,是高效能的基础
- 基于分析师预测股票eps数据生成仓位因子构建投资组合
- 51单片机键盘接口-独立按键和矩阵按键