宏基因组文章目录(9月1日更新)

“宏基因组”文章目录

软件和数据库使用

SILVAngs: 扩增子16S/18S免费在线分析
antiSMASH: 微生物次生代谢物基因簇查询和预测
微生物网络构建：MENA, LSA, SparCC和CoNet
Genevestigator: 查找基因在发表研究中的表达
psRobot：植物小RNA分析系统
RepeatMasker安装和使用

测序分析常用图表解读

1箱线图：Alpha多样性，老板再也不操心我的文献阅读
2散点图：组间整体差异分析(Beta多样性)
3热图：差异菌、OTU及功能
4曼哈顿图：差异OTU或Taxonomy
5火山图：差异OTU数量及变化规律
6韦恩图：比较组间共有和特有OTU或分类单元
7三元图：美的不要不要的，再多用也不过分
8网络图：节点OTU或类Venn比较

科研经验

1云笔记积累个人知识体系
2云协作建立实验室工作总结和内部资料共享平台
3公众号建立实验室共享知识体系和宣传窗口
Endnote X8云同步：家里单位实时同步文献笔记，有网随时读文献
Perl语言模板及配置
Shell模板和语法高亮
宏基因组14天原创-诚邀同行共享研究经验
如何注册一个名字好记的公众号

扩增子分析流程解读

宏基因组-扩增子分析流程：中文首发,史上最详系,零基础自学
中文扩增子分析视频教程推荐
QIIME1.9安装方法：1虚拟机 2Docker 3管理员
1质控,实验设计,双端序列合并
2提取barcode,质控及样品拆分,切除扩增引物
3格式转换,去冗余,聚类
4去嵌合体,非细菌序列,生成代表性序列和OTU
5物种注释,OTU表操作
6进化树,Alpha,Beta多样性
7物种分类统计,筛选进化树和其它

测序分析常用图表绘制

宏基因组扩增子统计绘图大全：中文首发,最详系,零基础
1箱线图：Alpha多样性
2散点图：Beta多样性，PCoA, CCA
3热图：差异菌、OTU及功能
4曼哈顿图：差异OTU或Taxonomy
5火山图：差异OTU数量及变化规律
6韦恩图：比较组间共有和特有OTU或分类单元
7三元图：美的不要不要的，再多用也不过分
8网络图：节点OTU或类Venn比较

文献笔记

Nature Review：Microbiota, metagenome, microbiome傻傻分不清
Nature Review：研究微生物，只靠多组学根本不够
Nature：功能微生物组–甘露糖苷选择性抑制致病性大肠杆菌
Nature: 植物微生物组开山–拟南芥根微生物组的结构和组成
Science封面：吃啥补啥，对肠道菌来说，这个可以有
Cell host & microbe：口腔微生物群的空间时序变化预测儿童龋齿
Microbiome: 简单套路发高分文章–白杨内生和根际微生物组结构
Microbiome：肠道菌群失衡促进高血压
Microbiome：重新定义“卫生”的概念
Microbiome：HiSeq平台16S扩增子超高通量测序文库构建方法
Microbiome：微生物组研究中你必须注意的细节
NC：MetaSort通过降低微生物群落复杂度以突破宏基因组组装难题
微生物应用|农业废弃物资源化利用
宏基因组学入门四部曲之初识
宏基因组学入门四部曲之向前一步
宏基因组学入门四部曲之《Assembling the microbial dark matter》

科普

岛国电影生物科普就是强—生命大跃进
我从哪里来-人体奥秘Inside the Human Body
央视与遗传发育所合拍《锄禾者新说》科教片

QIIME2教程

1简介和安装
2人体微生物组分析实战Moving Pictures
3粪便菌群移植分析实战FMT
4沙漠土微生物组分析实战Atacama soil
5数据导入 6数据导出 7实验设计编写
8数据筛选 9训练物种分类器

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软件使用

提取指定位置的基因组序列
查找指定基因的调控网络
转录组分析工具哪家强？
新出炉的Cytoscape视频教程
Cytoscape之操作界面介绍
酷炫的网略图怎么绘制 - Cytoscape教程（一）

经验心得

生物信息之程序学习
如何优雅的提问
Bookdown文档生成教程

Linux Shell

命令运行监测和软件安装
Linux学习-环境变量和可执行属性
管道、标准输入输出
常见错误和快捷操作
文件排序和FASTA文件操作
文件列太多，很难识别
服务器数据定期同步和备份方式
查看服务器配置信息

Python学习极简教程

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Pandas像R一样处理数据
ETE绘制进化树
解析psiBlast输出的JSON

R统计绘图

入门环境Rstudio
基础概念和矩阵操作
PCA主成分分析
热图绘制 (heatmap) 热图美化热图简化
线图绘制线图一步法
箱线图,小提琴图,区域散点图箱线图一步法
散点图绘制富集分析泡泡图
富集分析DotPlot
火山图
柱状图
韦恩图
轻松绘制各种Venn图

NGS系列

高通量测序原理
Airflow配置和使用
Docker基本使用
UCSC XENA - 集大成者(TCGA, ICGC)
ICGC数据库使用
TCGA数据库在线使用
NCBI使用

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1简介
2数据库概述 RDP taxdmp SILVA GreenGene PR2 UNITE FunGene

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