RDKit | 基于RDKit绘制化学反应

基于RDKit绘制化学反应

导入库

from rdkit import RDConfig
import unittest
import random
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw, AllChem
from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D
from rdkit import Geometry
%matplotlib inline
from numpy.polynomial.polynomial import polyfit
import matplotlib.pyplot as plt
import matplotlib.cm as cm
import matplotlib
from IPython.display import SVG, display
import seaborn as sns; sns.set(color_codes=True)

定义反应

rxn = AllChem.ReactionFromSmarts('[CH3:1][C:2](=[O:3])[OH:4].[CH3:5][NH2:6]>CC(O)C.[Pt]>[CH3:1][C:2](=[O:3])[NH:6][CH3:5].[OH2:4]',useSmiles=True)
d = Draw.MolDraw2DSVG(900, 300)
d.DrawReaction(rxn)
d.FinishDrawing()

绘制反应

RDKit | 基于RDKit绘制化学反应相关推荐

RDKit | 基于RDKit和Cytoscape绘制分子相似图
化学信息学中有许多网络结构化数据.例如分子,分子相似图和MMP等. Cytoscape是一款图形化显示网络并进行分析和编辑的软件基于RDKit和Cytoscape绘制分子的相似图. py2cytos ...
RDKit | 基于RDKit(≥2020.09.1)的相似图绘制新方法
导入库 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem.Draw import SimilarityMaps fr ...
RDKit | 基于RDKit绘制黑白颜色的分子
基于RDKit绘制黑白颜色的分子导入库 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem.Draw import ...
RDKit | 基于RDKit绘制带原子和键的索引、注释和立体化学
基于RDKit绘制带原子和键的索引.注释和立体化学导入库 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem.Dra ...
RDKit | 基于RDKit的指定原子或键高亮
基于RDKit的指定原子或键高亮指定原子或键高亮 HilightChemAtom.py from rdkit import Chem from rdkit.Chem.Draw import rdMo ...
RDKit | 基于RDKit的SMILES转canonical SMILES
基于RDKit的SMILES String转canonical SMILES String 导入库 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw ...
RDKit | 基于RDKit和k-均值对化合物进行非分层聚类
具有高相似性的分子组合可以改写为在化合物空间(化学空间)中具有短距离.在这种情况下,"相似性"和"距离"可互换使用.通过选择相距较远的化合物,可以构建各种化合物 ...
RDKit | 基于RDKit通过SMARTS定义反应模式来生成反应产物
简介 RDKit中,通过SMARTS定义一个反应模式,并根据该模式从反应物中生成产物. 环境 Windows 10 pro RDkit 2019.09.1 化学反应尝试碳原子的羟基化反应. SMAR ...
RDKit | 基于RDKit可视化脂溶性在溶解度贡献中的应用
尝试了logP,仅使用原子的权重即可可视化. 导入库 import base64 from io import BytesIO import warnings warnings.filterwarni ...

RDKit | 基于RDKit绘制化学反应

RDKit | 基于RDKit绘制化学反应相关推荐

最新文章

热门文章