RDKit | 基于RDKit的SMILES转canonical SMILES
基于RDKit的SMILES String转canonical SMILES String
导入库
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
SMILES转RDKit的Mol对象
testsmi = '[H][C@@]12CC[C@H](O)[C@@]1(C)CC[C@]1([H])C3=C(CC[C@@]21[H])C=C(O)C=C3'
mol = Chem.MolFromSmiles(testsmi)
mol
RDKit的Mol对象转canonical SMILES
canonical_smi = Chem.MolToSmiles(mol)
canonical_smi
C[C@]12CC[C@@H]3c4ccc(O)cc4CC[C@H]3[C@@H]1CC[C@@H]2O
canonical_mol = Chem.MolFromSmiles(canonical_smi)
canonical_mol
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