软件简介

Microbiome Helper开源软件，方便大家分析微生物组数据。不仅提供了多套扩增子、宏基因组的分析流程方案，同时提供了几十个软件间衔接的脚本，可大大提高使用者分析的效率。

文章于2017年发表于mSystems。Github项目主页：https://github.com/LangilleLab/microbiome_helper

microbiome help结合不同组的生物信息方法，整理优化了多套16S/18S/ITS/metagenome的分析流程，并且不断更新更好的方法。

相关软件提供详细的安装教程，同时全部流程也整体打包，可用 - Virtualbox虚拟机直接上手分析数据。

软件教程

教程主页：
https://github.com/mlangill/microbiome_helper/wiki

教程的优点

作者提供了一系列的输助脚本，使微生物组、宏基因组数据分析更加自动化；
制定了扩增子、宏基因组数据分析的标准操作流程(SOPs)，解决软件选择问题
教程包括测试数据，示例结果，常见问题答疑，让你学得会，看得懂；
提供了扩增子(6G)和宏基因组(20G)的虚拟机下载，解决新人软件安装困难的问题。

教程列表

在教程主页右侧有导航列表，提供每个教程的链接，主要包括以下内容。

实验操作Wet-Lab Protocols

扩增子测序标准流程 Microbiome Amplicon Sequencing Workflow

扩增子标准分析流程16S/18S/ITS SOPs

细菌古菌16S Bacteria/Archaea SOP
真核生物18S Eukarya SOP
真菌ITS2 Fungi SOP

宏基因组Metagenomic SOPs

宏基因组流程18版Metagenomics SOP v2
宏基因组流程17版Metagenomics Tutorial

其它教程

16S扩增子 16S Tutorial
非聚类OTU鉴定DADA2 16S Tutorial
功能预测PICRUSt Tutorial
功能预测+新菌鉴定PICRUSt Tutorial with de novo Variants
并行计算Intro to GNU Parallel
下载公共数据Download From SRA
随机森林Random Forest Tutorial in R
暑期课程 2017 Summer School
其它教程 Other tutorials

提供有测试数据、代码和虚拟机的教程，赶快访问 https://github.com/LangilleLab/microbiome_helper/wiki 上手学习吧。

如果你自己想学习独立分析微生物组数据，但又存在入门困难，欢迎报名我们在北京鼓楼7月份的宏基因组专题课程！详见《7月14-22日，北京，微生物组——宏基因组分析专题培训开课啦！》

宏基因组专题培训

在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2018年7月北京鼓楼推出《宏基因组分析专题培训》，大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个宏基因组实战分析学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析，独创线下集中授课2天+自行练习5天+再集中讲解答疑2天三段式教学，真正实现独立分析大数据。

你能学到什么

当时信息大爆炸时间，专业科研人才必须具备大数据分析解读能力。大数据分析解决所需要求知识多而杂，自学时间成本高。参加培训获得经验、内部资料和代码、高效解决问题是当今科研人员不二的选择。

深彻理解生物测序数据的基本思想

宏基因组分析三种模式全面的解决方案，以及结果的统计分析

16S扩增子数据PICRUST预测宏基因组
宏基因组数据Humann2定量物种和功能
Denovo宏基因组拼接和binning
结果的差异比较和可视化

主讲教师

主讲老师包括中科院微生物所、遗传发育所、基因组所、生物物理所等多名本领域一线技术专家。

助教团队

十余名科学院、清华、北大博士(含在读)，轮值讲师和助教，辅助学员学习和矫正培训过程中不足的点。

培训时间

2018-07-14 到 2018-07-15 (线下讲解实战)
2018-07-21 到 2018-07-22 (可线上线下同时，照顾不能长时间在北京的朋友)
每天早9点到晚5点，半封闭式教学
报到时间：开课前的周五晚上准备晚宴欢迎大家，促进相互认识和了解

授课地点

北京市西城区鼓楼明德大厦 (北京市旧鼓楼大街47号院2号楼2010)。

课程价格

原价 6999 元/人，
截止 2018-06-29 4199 元/人
之后恢复原价6999元/人 (住宿自行解决，提供培训期间午餐)
名额有限，每次课程报名满30人后自动关闭报名通道
提供易汉博基因科技实习机会或工作机会

暑期促销优惠活动

在2018年6月底前报名且成功缴费的用户，不仅可以获得上课的前排座位(座位按报名并成功缴费顺序从前到后龙摆尾式排序)，更可同时享受如下四重优惠。

赠送价值188元线上生信基础课程一门，目前有《应用Python处理生物信息数据和作图》、《生物信息作图系列R、Cytoscape及图形排版》和《转录组高级分析》和《生物信息中的Linux应用》任选其一。
获赠32G品牌定制U盘 (内含数据资料)。
多人(N，10>N>1)组团报名并同时缴费，每人还可获得价值N百元的礼品(充值或购物卡)。
零元学习588元微生物扩增子实战分析，学员预先购买课程，待完成宏基因组线下课程者，返现90%(10%被腾讯课堂扣除)。

*注意事项

需自备笔记本电脑，系统不限(推荐使用Windows 10系统，8G内存更流畅)。课程实践提供云计算平台。
培训班所有数据，文档为内部资料，仅供参阅，未经允许不得翻印外传登刊。
上课期间禁止录音，录像。
成功付款的学员，若临时有紧急事情不能到来的，可申请延期，更换后续培训班；也可申请退款。
若开课2周 (含) 前申请退款可退还85%费用；开课3个工作日 (含) 前申请退款退还70%的费用。
不可先延期再退款。

更多课程的详细介绍，请扫描下方二维码。

复制以下链接
http://www.ehbio.com/Training/ 或
点击阅读原文跳转报名页

成为实验中不可或缺的人，赶快报名吧！

宏基因组相关学习资源

自学能力强、基础好的同学，如果把我们之前分享的资料全部掌握的话，应该早己成为本领域的专家了。

1. 基础理论教程
- 微生物组入门必读+宏基因组实操课程
- 宏基因组分析教程
- 4500元的微生物组培训资料

2. 分析实战有参系列：
- MetaPhlAn2一条命令获得宏基因组物种组成
- HUMAnN2：人类微生物组统一代谢网络分析2

3. 分析实战De novo系列:
- 1背景知识-Shell入门与本地blast实战
- 2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer
- 3组装拼接MEGAHIT和评估quast
- 4基因注释Prokka
- 5基于Kmer比较数据集sourmash
- 6不比对快速估计基因丰度Salmon
- 7bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计
- 8分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin
- 9组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi’o
- 10绘制圈图-Circos安装与使用

如果基础知识体系不完善，自学存在困难的小伙伴，急时上车也是不错的选择。

成为实验中不可或缺的人，赶快报名吧！

写在后面

为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外1500+ 一线科研人员加入。参与讨论，获得专业解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码加主编好友带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍末解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。

学习扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组”

点击阅读原文，跳转最新文章目录阅读
https://mp.weixin.qq.com/s/5jQspEvH5_4Xmart22gjMA

微生物组助手——最易学的扩增子、宏基因组分析流程相关推荐

微生物组学研究手段概览2——宏基因组和宏转录组
原创: 林二狗宇宙实验媛宏基因组宏基因组测序是将环境总DNA提取出来,随机打断成300/500bp的小片段,然后在片段两端加入通用引物进行PCR扩增测序,然后对测序数据进行质控,再将高质量序列 ...
宏基因组分析流程报错与解决
宏基因组分析流程报错与解决 microbiome_helper流程报错 kneaddata质控 metaphlan_to_stamp.pl metaphlan2流程报错前言:坑有时候就是这么出其不意 ...
2021.11.16【读书笔记】丨宏基因组分析流程
本次笔记为美格基因宏基因组课程笔记目录 1. quality control 2. Reads-based分析 2.1 物种分类鉴定 2.2 揭示物种多样性 2.3 功能分类鉴定 2.4 数据库和比 ...
你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(190101)
文章目录征稿.转载.合作文章分类导航目录精选文章推荐培训.会议.招聘科研经验软件和数据库扩增子分析宏基因组分析 Linux与Shell R统计绘图实验设计与技术基础知识一作解读 ...
你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(181101)
文章目录征稿.转载.合作文章分类导航目录精选文章推荐培训.会议.招聘广告科研经验软件和数据库扩增子分析宏基因组分析 R统计绘图实验设计与技术基础知识必读综述高分文章套路解读科 ...
你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(181001)
文章目录征稿.转载.合作文章分类导航目录精选文章推荐培训.会议.招聘广告科研经验软件和数据库扩增子分析宏基因组分析 R统计绘图实验设计与技术基础知识必读综述高分文章套路解读科 ...
你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(180801)
本文"宏基因组"原创,更多文章点我跳转公众号阅读宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创 ...
微生物组—宏基因组分析专题培训7月开课啦！北京
在广大粉丝的期待下,<生信宝典>联合<宏基因组>在2018年7月北京鼓楼推出<宏基因组分析专题培训>,为大家提供一条走进生信大门的捷径.为同行提供一个扩增子.宏基因 ...
你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(180601)
征稿.转载.合作文章分类导航目录精选文章推荐培训.会议.招聘广告科研经验软件和数据库宏基因组分析 R统计绘图实验设计与技术基础知识必读综述高分文章套路解读科普视频-寓教于乐写在 ...

微生物组助手——最易学的扩增子、宏基因组分析流程