生物信息分析:从入门到精通结语
生物信息分析:从入门到精(fang)通(qi)结语:入门生信一时爽,一直分析一直爽
GeneDock聚道科技
为生命计算,助看病不难!
已关注
王焕威
等 8 人赞同了该文章
生信小白:服务器、超算、运维…这些词经常挂在生信专家嘴边,为什么需要这些东西呢?
西克孚肉:我们之前讲过,二代测序技术就像碎纸机,我们要用这些碎纸片段完成拼图。这个过程并没有想象中那么简单!首先拼图数目巨大,有好几十幅拼图凑在一起,存在大量重复的片段…这意味着处理数据需要比较大的计算量。
生信小白:难怪我说要跑全基因组数据时,好几个大佬说需要服务器、超算等资源...我好穷啊,真的是入门生信一时爽,一到分析悔断肠啊TT
西克孚肉:传统解决方案是购买高性能计算机或者服务器集群。但在实际的应用中,测序厂商们会遇到着不少问题...
Q:传统解决方案会遇到什么问题?
西克孚肉:
购买计算机或者服务器集群,需要考虑金钱成本和人力成本。
要买多少服务器呢?由于测序业务量有一定波动,服务器的数量不能很好控制。如果服务器数量不足,就不能满足峰值阶段的测序任务。购买大量资源,在业务量较低时,又会造成一定的资源浪费。这时,要么降低任务量来匹配服务器的限制,要么购买大量资源匹配最大可能的未来需求。
并且,购买硬件需要投入大量人力、精力维护,比如定期安装升级软件、有了故障要进行排查定位等等。
云计算
云计算可以更好地解决传统方案遇到的问题:
弹性资源分配,按需计量
云计算具有资源按需提供的特征,能够以弹性伸缩的方式分配计算资源。云计算对于个体来讲,可以有更大的计算能力和存储空间。用户可根据业务需求,动态申请资源。不必担心资源过渡供给导致额外使用开销,也不必担心资源受限导致任务不能很好运行。
数据交付与协作
使用相同的云基础设施,上下游用户之间的数据交付会变得更简单便捷。尤其是在基因领域,涉及大量数据的交付和协作。常规数据协作模式依赖于硬盘寄送,寄送后的数据还要再拷贝一次。但如果有了云和统一的接口、标准之后,整个过程会变得更简便,数据会变得更加易于管理,业务之间的关联也会变得更加紧密。
西克孚肉:有了云计算,对于很多的生物信息开发者,只需要一些电脑,就可以通过网络服务实现大量数据的计算。国际上最新的算法和数据库也可以最快时间更新到云平台上,让用户能够同步使用。
生信小白:代码能力不强的话,可以使用云计算吗?
西克孚肉:对于代码能力相对薄弱一点的用户来讲,使用GeneDock SeqFlow来做基因数据分析是一种更友好的方式。这降低了采纳新技术的门槛,用户可以花费更多的时间关注自己的主要业务。
生信小白:太好了,有了你之后,真的是入门生信一时爽,一直分析一直爽...
往期回顾:
第0期 生信分析是个什么玩意儿?
第1期 FASTQ! BAM! VCF! 傻傻分不清楚?
第2期 从FASTQ到BAM经历了什么?
第3期 变异类型知多少
第4期 变异注解之旅
第5期 变异筛选
生物信息分析:从入门到精通结语相关推荐
- MATLAB数学计算与工程分析范例教程,MATLAB 2016数学计算与工程分析从入门到精通...
全书通过近400个实例讲解了利用MATLAB 2016进行数学计算和工程分析的方法和技巧,涵盖了MATLAB的五大功能:1)数值计算功能:2)符号计算功能:3)图形与数据可视化功能:4)可视化建模与仿 ...
- python网络数据爬取及分析从入门到精通pdf_Python网络数据爬取及分析从入门到精通...
这是一套以实例为主.使用Python语言讲解网络数据爬虫及分析的实战指南.本套书通俗易懂,涵盖了Python基础知识.数据爬取.数据分析.数据预处理.数据可视化.数据存储.算法评估等多方面知识,每一部 ...
- Wireshark协议分析从入门到精通(免费版)-陈鑫杰-专题视频课程
Wireshark协议分析从入门到精通(免费版)-5479人已学习 课程介绍 Wireshark是目前全球使用广泛的开源抓包软件(前身为Ethereal),是一个通用化的网络数据嗅探器 ...
- matlab 2012数学计算与工程分析从入门到精通,MATLAB 2012数学计算与工程分析从入门到精通...
前言 第1章 MATLAB入门 1.1 MATLAB概述 1.1.1 什么是MATLAB 1.1.2 MATLAB的发展历程 1.1.3 MATLAB语言的特点 1.1.4 MATLAB系 ...
- 《Wireshark协议分析从入门到精通》
51CTO学院: http://edu.51cto.com/lesson/id-62643.html
- 《HFSS电磁仿真设计从入门到精通》一第2章 入门实例——T形波导的内场分析和优化设计...
本节书摘来自异步社区<HFSS电磁仿真设计从入门到精通>一书中的第2章,作者 易迪拓培训 , 李明洋 , 刘敏,更多章节内容可以访问云栖社区"异步社区"公众号查看 第2 ...
- 《libGDX移动游戏开发从入门到精通》一第2章 libGDX的架构分析
本节书摘来异步社区<libGDX移动游戏开发从入门到精通>一书中的第2章,第2.1节,作者: 黄俊东 责编: 陈冀康,更多章节内容可以访问云栖社区"异步社区"公众号查看 ...
- 《C++ 开发从入门到精通》——第2章 C++的重要特质分析2.1 什么是面向对象(object-oriented)...
本节书摘来自异步社区出版社<C++ 开发从入门到精通>一书中的第2章,第2.1节,作者: 王石磊 , 韩海玲,更多章节内容可以访问云栖社区"异步社区"公众号查看. 第2 ...
- java从入门到精通_Java入门到精通、学习路线、就业方向、薪资及前景分析(上篇)...
今天就大家最关心的Java热门问题进行简要分析,希望能对想要学习或是正在学习Java的小伙伴能够有所帮助~(大家多多关注呦~) 一.首先我们要了解Java是什么? 好学吗? Java是一种广泛使用的计 ...
最新文章
- $(window).load(function() {})和$(document).ready(function(){})的区别
- AutoCAD 命令参考手册
- Python生成器主要用法
- 1598: TomCat的环(快速幂+染色问题)
- 【转】WOPI host消息体结构
- 第 6-3 课:SpringBoot 核心 + 面试题
- 【今日CV 计算机视觉论文速览 第148期】Mon, 29 Jul 2019
- python中协程的理解_python协程的理解
- RubyCritic:一款不错的检测代码质量工具
- prime算法-最小生成树
- python内置函数每个执行一次
- [0 to 0.5]从零开始学习Android动画知识(上)
- 屏蔽csdn右下角广告插件
- android手机运行win10,兼容安卓 Win10手机竟然能直接运行APK
- UOJ【UR #12】实验室外的攻防战 题解
- C语言阶梯程序,阶梯式C语言程序设计实验指导书.pdf
- 年会邀请函如何制作?教你一分钟快速制作年会邀请函
- CF924C Riverside Curio
- 如何将多个doc文档合并在一起
- ONVIF系列笔记-设备发现机制