【深入UCSC Genome Brower】他山之石

转自：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAwMzY4MTYxNw==&mid=2655752921&idx=1&sn=159f79dde58d2145c59307e23a06b97a&scene=0#wechat_redirect

这是一个神奇的网站：UCSC Genome Brower

有朋友在后台留言让介绍下UCSC Genome Browser，其实小张很早就想介绍了，无奈这个数据功能太强大，就像NCBI一样，收录的信息太多了，不是一两次能说清楚的，大家用NCBI用的最多的还是pubmed、Blast等少数几个功能，

其他大部分工具用的还是比较少，比如GEO：

而UCSC就是一个类似于NCBI的航母，收录的各种各样的战斗装备：

今天我们挑UCSC Genome Browser拿出来讲，顾名思义，基因组浏览器，是根据基因组的位置、基因ID等信息进行浏览。我们从UCSC主页面（http://genome.ucsc.edu/）进去后，点击Genome Brower就可以了：

在打开的页面中，我们看到显示窗口是我们看结果的地方，最下面除了Mapping and Sequencing（比对和序列）外，还有以下几部分功能框：

每部分功能框又包括几个数据源，比如在Genes and Gene Predictions中，就包括：GENCODE、RefSeq Genes等20个数据源，每个数据源显示结果可以包括hide、dense、squish、pack和full这五个不同的显示水平，按照前后顺序full是全部显示，hide为隐藏，即越靠下显示结果越多。

每个数据源都可以单击查看说明，比如RefSeq Genes的说明：

下面我们通过一个例子看上面几部分的意思，首先我们检索一条lncRNA malat1：

当然，这里也可以根据染色体位置检索，在检索框直接输入位置：chr11:65,497,762-65,506,469，在窗口中出现malat1的基本信息：

这时我们的功能框只有以下几个数据源设置的不是hide显示模式：

所以在显示窗口中只显示了mRNA和基因的信息。下面我们通过调节功能框查看不同的结果，

Mapping and Sequencing：比对和序列信息，比如GC含量（五个碱基内GC的比例），我们把GC含量调整为full显示，然后单击右上角refresh:

出现的结果：

我们看到红框内新出现的结果，我们知道GC含量是设计引物时一个重要考虑因素。

Genes and Genes Prediction：这里我们把功能框的UCSC Alt Events（显示基因中可变剪接等可以导致产生不同转录本的事件）设置为full显示模式：

比如altPromoter的意思是有多个转录起始位置，cassetteExon意思是在某些转录本中出现的外显子。

Phenotype and literature：表型和文献，我们把OMIM Pheno Loci（孟德尔遗传病和基因位点）设置为full：

刷新后

单击查看其中一条614344，查看疾病信息：

mRNA and EST: 我们把Human mRNAs设置为pack显示，SIB Alt-Splicing（可变剪接方式）设置为full显示：

刷新后的结果：

这个图是不是看着比较眼熟？

Expression: 表达。我们把GNF Atlas 2（通过Affymetrix芯片对79对人组织样本进行的表达检测）设置为full：

刷新：

可以选择组织看具体结果：

Regulation: 表达调控，我们单击ENCODE Regulation，在弹出的界面中选择：Transcription，H3K4Me1，H3K4Me3和H3K27Ac四种，然后提交

跟我们在文章里面看到的就有点像了，我们点击zoom out可以缩小显示：

Comparative Genomics:比较基因组学，比如我们需要看MALAT1在物种中的保守性如何，就可以设置Cons 20 mammals为full 模式：

刷新：

当然，也可以选择物种显示：

Variation: 显示SNP以及indel等结构变异，设置Common SNPs（147）为full显示模式:
刷新：

我们可以看到malat1中的snp位点。

Repeats:重复序列。这里我们设置repear Maskers为full模式，

刷新后：

【深入UCSC Genome Brower】他山之石相关推荐

【深入UCSC Genome Brower】写在前面
UCSC Genome Database(http://genome.ucsc.edu/)是加州大学圣克鲁兹分校(UCSC)创立和维护的一个重要的生物学数据库,它包含了大量基因组数据,基因组间的比对信 ...
基因注释神器UCSC Genome Browser使用教程
近期,笔者接触到了一款神仙工具--UCSC Genome Browser,它可以帮助我们可视化某个基因的相关信息. 在 Wiki 百科上,这款工具的介绍是: UCSC Genome Browser 是 ...
UCSC genome browser 个人track 安装
处理基因组数据,很多时候我们会觉得直接看序列文件不够直观,如果绘图的话,把n多G把数据用画图出来不仅费劲,就算操作也不方便.因此我们可以用UCSC开发出的genome browser,可以直接把数据信 ...
生物信息大数据数据库（NCBI、EBI、UCSC、TCGA）
想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课,有一章专门讲的数据库与软件: 1-生物信息学:导论与方法北大\10 生物信息数据库及软件资源一个优秀的生信开发者能够解决如下问题: 如何鉴定一个重要 ...
UCSC hg19.ensembl.gtf
UCSC UCSC是加利福尼亚大学圣克鲁兹分校,UCSC提供了一个基因组浏览器的网站,这个网站在生物信息领域比较有名,里面包含非常多重要的资源.包括很多重要物种的基因组资源.目前里面包含166多个数据 ...
mysql客户端查询_MySQL数据库之利用mysql客户端查询UCSC数据库
本文主要向大家介绍了MySQL数据库之利用mysql客户端查询UCSC数据库 ,通过具体的内容向大家展现,希望对大家学习MySQL数据库有所帮助. UCSC Genome Browser是由Unive ...
Imitation- Seahorse genome
source Abstract report the sequencing de novo assembly of the genome 比较分析得出进化速率 Comparative genomic ...
高级转录组分析和R语言数据可视化第十三期（线上线下同时开课）
" 福利公告:为了响应学员的学习需求,经过易生信培训团队的讨论筹备,现决定安排扩增子16S分析.宏基因组.Python课程线上直播课.报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同课程的一次线 ...
高级转录组分析和R语言数据可视化第12期 (线上线下同时开课)
" 福利公告:为了响应学员的学习需求,经过易生信培训团队的讨论筹备,现决定安排扩增子16S分析.宏基因组.Python课程线上直播课.报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同课程的一次线 ...

【深入UCSC Genome Brower】他山之石

这是一个神奇的网站：UCSC Genome Brower

【深入UCSC Genome Brower】他山之石相关推荐

最新文章

热门文章