UCSC hg19.ensembl.gtf
UCSC
UCSC是加利福尼亚大学圣克鲁兹分校,UCSC提供了一个基因组浏览器的网站,这个网站在生物信息领域比较有名,里面包含非常多重要的资源。包括很多重要物种的基因组资源。目前里面包含166多个数据集合。包括93个物种。可以在线浏览这些物种的基因组信息。当然也可以进行数据下载。
与NCBI和EBI不同的是,通过UCSC这个基因组浏览器,可以交互式的选择要下载的数据,U里面包含一个Table Browser,可以通过这个工具进行筛选。比如选取基因组中固定区域信息,例如只下载cds区域,tRNA区域等。
#官方网站:
UCSC Genome Browser Home
Table Browser
UCSC hg19.ensembl.gtf相关推荐
- 从UCSC下载基因组的GTF文件
欢迎关注"生信修炼手册"! 从UCSC下载基因组的GTF文件有两种方式,一种是利用table browser 浏览器,另外一种是通过FTP服务. 1. Table Browser ...
- 小鼠参考基因组id转换gtf文件chb 自己注释 从官网下载相应的基因中注释文件gse155802 getmatrix genecode
Index of /pub/release-93/gtf/mus_musculus (ensembl.org) 我想要研究的基因组 我怎么知道是这个的呢 ,因为这篇文献里面提到 References ...
- gff文件_根据gff/gtf等注释文件取负链上的序列:先反向互补染色体再截取?还是先截取区间再反向互补序列?...
最近需要根据注释文件在基因组上截取序列,突然想到一个问题:对于下面这样在负链上的基因,我们是先将整条染色体反向互补再截取对应区间?还是先截取对应区间再反向互补呢? 首先亮出答案:先截取区间,再反向互补 ...
- 0079-【生信软件】-人类基因组hg19、hg38构建bwa索引
在临床数据分析时,使用的人类参考基因组为UCSC上面的hg19,hg39版本,且常常将除1-22,X,Y,M,以外的染色体去除,避免数据的干扰. hg19索引构建 进入UCSC的官网,hg19的ftp ...
- 根据gff/gtf等注释文件取负链上的序列:先反向互补染色体再截取?还是先截取区间再反向互补序列?
最近需要根据注释文件在基因组上截取序列,突然想到一个问题:对于下面这样在负链上的基因,我们是先将整条染色体反向互补再截取对应区间?还是先截取对应区间再反向互补呢? 首先亮出答案:先截取区间,再反向互补 ...
- 用Bioconductor对基因组注释
这一次,我们来聊聊基因组注释.首先问自己一个问题,为什么要进行基因注释. 就我目前而言,它用来解决如下问题: 在mapping-by-sequencing的时候,我找到了一些可能的突变位点,我需要知道 ...
- linux基因组文件,转录组入门(四):了解参考基因组及基因注释
转录组入门(4):了解参考基因组及基因注释 任务列表 1.在UCSC下载hg19参考基因组: 2.从gencode数据库下载基因注释文件,并且用IGV去查看感兴趣的基因的结构,比如TP53,KRAS, ...
- 生物信息学数据库资源 {#database}
目录 ##前言 参考基因组版本 {#genome-version} NCBI Ensembl UCSC ENCODE GENCODE TCGA 1000 GENOME ##前言 做数据分析常常会需要用 ...
- ChIPseeker入门到精通
刘小泽写于2020.5.23-24 Y叔的原文在:https://mp.weixin.qq.com/s/3CMj0xejiV-FSMC-Vxd_-w 0 ChIPseeker的诞生 Y叔一开始使用Ch ...
最新文章
- React使用ES6语法重构组件代码
- 让我再撸一次HashMap
- 让你秒懂的折半查找(二分查找)
- springboot集成spring security安全框架入门篇
- vue饼图组件_vue2.0 自定义 饼状图 (Echarts)组件
- 【转载保存】Selenium Webdriver元素定位的八种常用方式
- php path separator,php 非常有用的高级函数PATH_SEPARATOR常量和set_include_path
- ZooKeeper--分层仲裁简介
- mysql表统一编码_PHP MySQL Apache统一编码
- java的Scanner类
- 确认从博客园搬家到FPA博客园
- yii2 restful的自定义api
- 2021最新Node.js视频教程(基础+全栈项目)
- 分布式与微服务☞web组件kafka
- 特征码的使用办法_徐涛高频问题回答,刘晓艳阅读做题方法,汤家凤10套卷使用方法...
- win10系统上的appdata是什么文件夹可以删除吗
- 北邮计算机学院复试笔试,北邮计算机学院考研复试经验
- win下装django
- 计算机学院考勤管理办法,学生考勤管理规定
- IP地址的获取—分析从连接WiFi到上网的全过程(二)
热门文章
- php转java知乎_php程序员来谈谈php和java
- Android APP更新下载工具类——简单封装DownloadManager
- 高精度垃圾分类模型开发与硬件集成
- CVPR2021 | PAConv:一种位置自适应卷积,点云分类、分割任务表现SOTA
- CVPR 2020 Oral 出炉!5篇 Oral 论文抢先看
- 如何计算空间一条直线外一点到这条直线的垂足点坐标
- 五年级上册计算机课如何拉表格,川教版小学信息技术五年级上册第八课 调整表格...
- 卷积神经网络:VGG16 是基于大量真实图像的 ImageNet 图像库预训练的网络
- SpringBoot mybatis Interceptor分页实现
- Spring 视图解析