GWAS-性状间相关性图的绘制
这两天学习了一下相关性图的绘制,很高级,觉得放到论文里一定很不错,就下定决心来学习,在网上找的代码,有的运行不了,所以结合自己的数据格式,对代码进行了修改。在这里记录一下自己的学习过程。
首先,载入数据。pheo.csv是我的表型文件的名称
library(openxlsx)
library(tidyverse)
dat = read.csv("pheo.csv")
dat
然后,去掉第一列,只保留数据
dat <- dat[,-(1:1)]
相关性分析,使用cor函数
cor(dat)
去掉NA,计算相关系数
cor(dat,use = "complete.obs")
显著性检验,使用Hmisc函数,因为它可以多列比较
library(Hmisc)
dat = as.matrix(dat)
rcorr(dat)
最后进行可视化
library(GGally)
dat = as.data.frame(dat)
ggpairs(dat)
得到如下图
over!
看到很多文献里面都是有这种图的,当然也有一些是表格的,但是表格就显得很普通了。这个图乍一看就很有内容的样子。势必学会!!!
GWAS-性状间相关性图的绘制相关推荐
- R 绘制 GWAS 研究的 Manhattan 图
曼哈顿图本质上是一个散点图,用于显示大量非零大范围波动数值,最早应用于全基因组关联分析(GWAS)研究展示高度相关位点.它得名源于样式与曼哈顿天际线相似(如下图). 近几年,在宏基因组领域,尤其是差异 ...
- GEMMA 全基因组关联分析+CMplot多性状曼哈顿+QQ图脚本
这里写自定义目录标题 GEMMA 全基因组关联分析+CMplot多性状曼哈顿+QQ图脚本 GEMMA 全基因组关联分析+CMplot多性状曼哈顿+QQ图脚本 ###GEMMA 全基因组关联分析+CMp ...
- 绘制测试集、训练集的每一个病人或者样本的raidomics signiture图(绘制raidomics signature图),以及ROC曲线图
绘制测试集.训练集的每一个病人或者样本的raidomics signiture图(绘制raidomics signature图),以及ROC曲线图 受试者工作特征曲线 (receiver operat ...
- python画相关系数矩阵图_pyhton中matplotlib箱线图的绘制(matplotlib双轴图、箱线图、散点图以及相关系数矩阵图))...
//2019.07.23 1.箱形图,又称为盒式图,一般可以很好地反映出数据分布的特征,也可以进行多项数据之间分布特征的比较,它主要包含五个基础数据:中位数,两个上下分位数以及上下边缘线数据 其中的一 ...
- python绘制花朵图案_Python实现平行坐标图的绘制(plotly)方式
平行坐标图简介 当数据的维度超过三维时,此时数据的可视化就变得不再那么简单.为解决高维数据的可视化问题,我们可以使用平行坐标图.以下关于平行坐标图的解释引自百度百科:为了克服传统的笛卡尔直角坐标系容易 ...
- matlab核密度,核密度图的绘制
原标题:核密度图的绘制 我们先看一下别人家文章中的核密度图. 那么,怎么做出这样的图呢?这种核密度图到底想表达或表现什么呢? 核密度图的绘制 所谓"眼过千遍不如手过一遍",数据我们 ...
- 【UML】UML几种图的绘制
08年9月入学,12年7月毕业,结束了我在软件学院愉快丰富的大学生活.此系列是对四年专业课程学习的回顾,索引参见:http://blog.csdn.net/xiaowei_cqu/article/de ...
- pyplot画多个图,在一个图中绘制多个子图
pyplot绘制多个子图方法 matplotlib在一个图中绘制多个子图用plt.subplot()方法. import matplotlib.pyplot as plt import numpy a ...
- Python实现平行坐标图的绘制(plotly)
平行坐标图简介 当数据的维度超过三维时,此时数据的可视化就变得不再那么简单.为解决高维数据的可视化问题,我们可以使用平行坐标图.以下关于平行坐标图的解释引自百度百科:为了克服传统的笛卡尔直角坐标系容易 ...
最新文章
- 苹果放大招?「廉价版」5G iPhone 将揭晓,M2芯片来袭?
- 堆排序算法的java实现_堆排序算法的JAVA实现
- Django缓存和信号
- 关于编码、unicode、utf-8的讨论
- Repeater控件最后一笔记录高亮显示
- python-实现单链表
- 服务器控件调用JS方法
- Redis总结(二)C#中如何使用redis
- boost::spirit模块实现罗马数字解析器(演示符号表)的测试程序
- HTML5 新元素标签系列:最简版 HTML5
- Makefile的学习
- C#事件机制(记住流程)
- Machine Learning List
- 深度解说阿里云 Serverless Kubernetes
- Process Explorer工具介绍
- python环境变量配置_怎么搭建python环境?很简单,就几步的事
- 深度学习模型压缩方法
- 又接触到自己以前建立的计算系统,有点震惊
- 计算机二级ms office有题库吗,计算机二级office题库-吃惊!二级MS Office高级应用通过率仅有21.07%!...
- 有哪些好用的word文件对比工具
热门文章
- html5 日起区间,excel判断日期在某个区间
- signature=da0cbfb45ebebe4ea0118c0a20df185e,MS15-018:Internet Explorer 累积安全更新:2015 年 3 月 10 日...
- 【每日一练】19—CSS 实现撕纸的效果
- 安卓通讯之《蓝牙单片机通讯助手》②扫描设备、连接设备和双向通讯。
- 解决Vscode,按住Ctrl不能跳转定义的方法
- html在线客服插件,在线客服插件
- 好玩的小游戏网站推荐
- 订单可视化(智能制造、流程再造、企业信息化) 第六篇 万事开头难,第一阶段的得与失...
- PTA题目集python判断题
- 灵魂有香气的女子李筱懿:自律,是追求更高级的快乐