Blast生成蛋白质序列位置特异性矩阵-PSSM矩阵详细版

在学习蛋白质蛋白质相互作用时看到了PSSM矩阵，就学习了一下如何生成的，具体步骤如下。

1.下载安装

网址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/

2.正常运行安装

此处并不产生任何快捷方式，不要反复下（都是踩过的坑）。

会产生一个blast文件夹

3.cmd-运行-powershell cd指令进入blast

或者在blast中shift键+右击，进入powershell

4.下载数据库

网址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/

一定要进入 FASTA/ 文件夹！！

由于nr太大，我尝试了swissprot的数据，并把它放在了新创建的db文件夹下，以下以它为例。

5. 对下载的数据进行处理，使其数据格式化

cd 进入db文件夹下，执行bin文件夹下的 makeblastdb.exe（这个可以直接拖进去）

C:\Users\86150\Desktop\PSSM\blast\bin\makeblastdb.exe -in swissprot -dbtype prot -title “swissprot” -out lxsp

lxsp是转换完各种数据库的名字……

6.目标蛋白质序列，此处以1个蛋白质序列为例，.txt文件就可以。第一行是头部，第二行是序列：

>aa
SHMRPEPRLITILFSDIVGFTRMSNALQSQGVAELLNEYLGEMTRAVFENQGTVDKFVGDAI

7.生成PSSM矩阵

命令行：C:\Users\86150\Desktop\PSSM\blast\bin\psiblast.exe -db lxsp -query 1.txt -evalue 0.001 -num_iterations 3 -out_ascii_pssm 1.pssm

-db 后面是数据库

-query 查找蛋白质文件

-evalue 应该是什么参数，-evalue 0.001 没有也能生成PSSM矩阵，这个后期学习补充，或者路过有知道的请评论。

-num_iterations 迭代次数

-out_ascii_pssm 生成文件

8.运行结果

运行结果需要下载notepad查看，前10列就是PSSM矩阵。

9.结论

数据库要下对，格式再转换，就没有坑了。

这是针对一条序列，在windows本地的操作，后期如果写论文用到此矩阵会追加批处理的方法，还有nr的服务器操作。

10.参考文章

psiblast生成pssm矩阵及psiblast参数详解_阿斯达克-CSDN博客

蛋白质序列位置特异性矩阵(PSSM)的获取 - Roronoa-Zoro - 博客园

PSSM矩阵的生成（ncbi-blast-2.9.0+-win64）_xiaobai1_1的博客-CSDN博客

11.发现线上生成蛋白质PSSM矩阵的网址

https://possum.erc.monash.edu/server.jsp

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