微生物相关研究最新进展(2022年5月）
【1】Science：利用Record-seq技术记录肠道细菌的基因表达
2022-05-16报道，在一项新的研究中，来自瑞士苏黎世联邦理工学院、巴塞尔大学、伯尔尼大学和博特纳儿童健康研究中心的研究人员为肠道细菌配备了数据记录器功能，以此来监测肠道细菌中哪些基因是活跃的。这些肠道细菌有朝一日可能提供一种诊断疾病或评估饮食对健康影响的非侵入性手段。相关研究结果发表在2022年5月13日的Science期刊上，论文标题为“Noninvasive assessment of gut function using transcriptional recording sentinel cells”。
【2】Science of the Total Environment;青藏高原多年冻土区高寒植被土壤微生物群落分布和构建过程研究获进展
2022-05-14报道，中国科学院西北生态环境资源研究院在青藏高原东北缘疏勒河源多年冻土区高寒生态系统长期定位观测场开展研究，分析不同类型高寒植被土壤微生物的群落特征，发现高寒草地逆向演替（由ASM、AM到AS）过程中，植物生物量是驱动微生物多样性和群落构建过程的关键因子。
近日，相关研究成果以Soil microbial distribution and assembly are related to vegetation biomass in the alpine permafrost regions of the Qinghai-Tibet Plateau为题，在线发表在Science of the Total Environment上。研究工作得到第二次青藏高原综合科学考察研究、国家自然科学基金等的支持。
【3】JAMA Oncol：肠道微生物组或会改变患者对癌症疗法的反应
2022-05-05报道，近日，一篇发表在国际杂志JAMA Oncology上题为“The Potential of the Gut Microbiome to Reshape the Cancer Therapy Paradigm: A Review”的综述文章中，来自布莱根妇女医院等机构的科学家们通过研究深入揭示了机体肠道微生物组和机体对免疫疗法、化疗和癌症手术等治疗手段所产生的反应之间的关联，相关研究结果或有望帮助开发新方法来靶向作用微生物组从而改善患者的治疗。
【4】研究人员揭示抗生素高效降解菌应对四环素胁迫的响应机制
2022-04-29报道，近日，中国农业科学院农业资源与农业区划研究所耕地质量保育团队、CAAS-CIAT可持续农业联合实验室开展了微生物降解四环素机制研究，探究了真菌、细菌对四环素的降解特性及降解途径，并基于代谢组学推测了降解菌株对四环素胁迫的代谢响应模式。相关成果发表在《环境污染（Environmental Pollution）》和《微生物（Microorganisms）》杂志上。
【5】堆肥二次发酵过程中运用生物强化手段提高堆肥产品促生效果
2022-04-28报道，基于以上研究背景，中国科学院城市环境研究所研究团队以在堆肥产品中富集的植物生长素吲哚-3-乙酸（IAA）为主要切入点，针对性地在堆肥二次发酵过程中运用生物强化手段来提高堆肥产品的促生效果。
相关研究成果以Compost-derived indole-3-acetic-acid-producing bacteria and their effects on enhancing the secondary fermentation of a swine manure-corn stalk composting为题发表在Chemosphere上。研究工作得到国家重点研究计划、国家自然科学基金等项目的资助。
【6】Cell Host & Microbe: 高脂饮食促进代谢障碍的肠道微生物节律
2022-04-22报道，近日，芝加哥大学的研究者在“Cell Host & Microbe”杂志上发表了题为“High-fat diet disrupts REG3g and gut microbial rhythms promoting metabolic dysfunction”的文章，该研究揭示了恢复肠道微生物群感知特定宿主因子(如Reg3g)介导的饮食信号的能力可以用来改善代谢功能障碍。
在本研究中，研究者使用小鼠模型，报告宿主C型凝集素抗菌肽Reg3g与关键的回肠微生物以双向方式协调这些相互作用，而与肠道核心生物钟无关。高脂饮食是微生物振荡器的主要驱动力，微生物振荡器破坏宿主代谢的动态平衡，导致心律失常的宿主Reg3g表达，继而推动关键肠道微生物的丰富和振荡。 这说明生物节律的跨界协调主要受饮食和宿主和微生物成分之间相互的传感器-效应器信号的影响，最终驱动新陈代谢。
【7】Cell Host & Microbe：高脂肪饮食可破坏肠道微生态平衡，导致代谢功能障碍
2022-04-21报道，近日，发表在Cell Host & Microbe上的一篇题为“Western diet disrupts reg3γ and gut microbial rhythms promoting metabolic dysfunction. Social Science Electronic Publishing”的学术论文研究了来自特定肠道细菌的信号是否需要驱动Reg3γ的宿主昼夜表达模式，以及这些内源性线索是否可以“重置”细菌振荡，以确定微生物信号是否在HF饮食诱导的肠道生态失调中丢失，进一步加剧了宿主代谢紊乱。
【8】新洞察！短链脂肪酸缓解类风湿关节炎的新见解
2022-04-21报道，近日，浙江大学的研究者们在英国药理学杂志上发表了题为“Short-chain fatty acids regulate B cells differentiation via FFAR2 to alleviate rheumatoid arthritis”的文章，该研究证实了单链脂肪酸通过FFAR2调节B细胞分化，从而缓解类风湿关节炎。这将从免疫学和微生物学的角度为RA的治疗提供新的见解。
【9】Nat Med: 科学家揭示肠道微生物与癌症免疫疗法反应相关性
2022-04-20报道，美国国家癌症研究所的研究人员进行了针对性研究，发现不同地理分布的肠道微生物特征（微生物型）与PD-1反应差异相关，并部分解释了队列之间的差异。相关研究结果发表在Nat Med上，题目为“Intestinal microbiota signatures of clinical response and immune-related adverse events in melanoma patients treated with anti-PD-1”。
【10】Nature：科学家揭示影响人肠道微生物群的环境因素！
2022-04-19报道，近日，来自格罗宁根大学和格罗宁根大学医学中心的学者发表在Nature上发表的学术论文研究了遗传因素、暴露因素、生活方式和饮食如何塑造健康和疾病中的微生物组。
该研究全面概述了肠道微生物组以及遗传性和暴露的潜在影响，这将促进微生物组靶向治疗的未来发展。
【11】Nature子刊: 饮用水氯化对儿童肠道菌群影响微小
2022-04-19报道，近日，发表在Nature Microbiology上的一篇题为“Drinking water chlorination has minor effects on the intestinal flora and resistomes of Bangladeshi children”的学术论文研究了水氯化对儿童肠道微生物组的影响，包括肠道微生物组发展的不同阶段所携带的ARG和细菌病原体。
【12】土壤微生物群落结构对高寒草地退化和恢复演替的响应研究中取得进展
2022-04-18报道，相关研究成果以Responses of soil microbial metabolic activity and community structure to different degraded and restored grassland gradients of the Tibetan Plateau为题，发表在Frontiers in Plant Science上。研究工作得到第二次青藏高原综合科学考察研究、中科院-青海省人民政府三江源国家公园联合研究专项、国家自然科学基金的支持。
研究发现，与轻度退化草地相比，重度退化草地土壤总氮和有机质含量分别降低了37.4%和45.08%。建植10年的人工草地土壤总氮和有机质含量分别提高了33.10%和30.42%。与微生物相关的土壤酶活性随退化梯度的增加而降低，随恢复时间增长而增加。不同退化和恢复演替阶段的细菌和真菌群落结构存在显著差异。
【13】研究揭示百菌清影响蜜蜂幼虫的生存和肠道微生物多样性
2022-04-16报道，近日，中国农业科学院蜜蜂研究所资源昆虫保护创新团队研究发现高暴露剂量的杀菌剂百菌清降低了室内人工饲养蜜蜂幼虫的存活率，改变了蜜蜂幼虫肠道微生物结构，农药对蜜蜂的风险同时与其毒性和暴露剂量有关。相关研究成果发表在《有害生物治理科学（Pest Management Science）》上。
【14】Cell report:微生物通过免疫依赖性调节肠道干细胞分化
2022-04-13报道，近日，康奈尔大学的研究者们在“Cell Report”杂志上发表了题为“Microbes affect gut epithelial cell composition through immune-dependent regulation of intestinal stem cell differentiation”的文章，在本研究中研究者提出了一个模型，微生物模式识别途径(如IMD-AREISH)和损伤反应途径(如JAK-STAT)的平衡影响ISC的分化、上皮成分和肠道生理。
【15】Nat Commun：科学家利用合成聚糖调控肠道微生物组成并缓解结肠炎
2022-04-10报道，近日，Kaleido Biosciences临床健康医疗公司的研究人员在Nat Commun上发表了题为“Synthetic glycans control gut microbiome structure and mitigate colitis in mice”新的报道，研究了化学多样性合成聚糖（SGs）的性质和治疗潜力，发现合成聚糖控制肠道微生物组结构并缓解小鼠结肠炎。
【16】Nat Commun：研究发现肠道微生物可促进胆结石形成！
2022-04-10报道，近日，同济大学医学院和南京医科大学的学者在Nat Commun上发表的一篇题为“Gut microbiota promotes cholesterol gallstone formation by modulating bile acid composition and biliary cholesterol secretion”的研究性论文具体研究了肠道微生物群在胆结石形成中发挥的作用，发现肠道微生物群可通过调节胆汁酸组成和胆汁胆固醇分泌促进胆固醇胆结石的形成。
【17】Cell：合成基因元件的跨物种表达有助发现人类微生物组衍生性的代谢物
2022-04-09报道，在一项新的研究中，来自耶鲁大学的研究人员开发出一种新的合成生物学技术，作为一种通用的翻译工具，可以追踪不同有机体内以前未曾探索过的基因和代谢事件。相关研究结果于2022年4月1日在线发表在Cell期刊上，论文标题为“Cross-kingdom expression of synthetic genetic elements promotes discovery of metabolites in the human microbiome”。
【18】PNAS:生物多界互作控制地下文化遗址微生物组研究取得进展
2022-04-07报道，研究表明，微生物物种多界互利和竞争等生态过程的协同是地下文化遗址（墓葬、洞窟等）微生物组来源、迁入、定殖和爆发的重要途径之一。该研究是迄今国内外首次将生态学理论应用于文保微生物的研究，结合前人在微生物学和环境微生物学上的认知和实践，将会更好的帮助科学家了解、制定和实施有效的文保措施。 研究成果发表在《美国国家科学院院刊》（PNAS）上。研究工作得到国家重点研发计划“墓葬壁画原位保护关键技术研究”项目与敦煌研究院的支持。
【19】the ISME Journal:环境影响细菌竞争的机制研究方面取得新进展
2022-04-05报道，近日，上海交通大学生命科学技术学院、微生物代谢国家重点实验室董涛团队揭示了环境因素决定细菌在VI型蛋白质分泌系统（T6SS）介导的竞争中的生存机制。相关研究成果以“Abiotic factors modulate interspecies competition mediated by the type VI secretion system effectors in Vibrio cholerae”为题发表于Nature旗下微生物生态学顶级期刊the ISME Journal。生命科学技术学院2019级硕士研究生唐明暄为第一作者，董涛研究员为通讯作者。在自然环境和宿主环境不断变化的过程中，微生物需要感知和调节自身适应外界环境的变化。本文基于董涛团队2020年在Nature Microbiology上提出的细菌非特异性保护机制，阐述了环境因素可以通过影响T6SS效应蛋白的活性和受体细胞的非特异性保护机制，决定细胞在T6SS竞争中的生死存亡。通俗的讲，大家最常用的培养基也可能会让细菌经历生死考验。
【20】Nature Communications:科学家开发出对菌群中单个细菌进行高通量鉴定和定量的新技术
2022-04-03报道，近期，日本科学家开发了一种对菌群中单个细菌进行高通量鉴定和定量的新技术，研究成果发表在《Nature Communications》期刊，标题为“High-throughput identification and quantification of single bacterial cells in the microbiota”。
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