linux系统fasta程序,代码分析_fasta

fasta 是一款开源高效的生物学序列分析工具

根据README文件先将src中的文件编译一遍

To make the standard FASTA programs:

cd src

make -f ../make/Makefile.linux_sse2 all

where "../make/Makefile.linux_sse2" is the appropriate file for your system.

The executable programs will then be found in ../bin

(e.g. ../bin/fasta35_t, etc.)最好在bin中加个链接

sudo link /bin/fasta36 /usr/bin/fasta36

然后再做测试

For a simple test of a program, try (from the src directory)

../bin/fasta35 -q ../seq/mgstm1.aa ../seq/prot_test.ls

说明一下相关文件夹的内容

bin/ 通过编译后的的二进制程序文件

conf/

data/

doc/ fasta的介绍文件

make/ make的配置文件，会调用src

misc/

seq/ 测试用的序列文件

sql/ 相关的sql语句

src/ fasta源代码

test/

尝试着运行了一下测试脚本，一直报错 list request but FASTLIBS undefined

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